<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">I am having issues using a local version of ensembl database.</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

<br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">I have already installed both the v62 version and the v64 version of the ensembl database and respective APIs.</div>

<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

If I use v62 api I can query the database with no issues, using V64 api the registry does not seem to read the mySQL database.</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

<br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">As a test I used the local v64 api to query the remote database and pull out the tables it finds. Here are the ones I retrieve for Human:</div>

<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

species/group   homo_sapiens/core</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">database        homo_sapiens_core_63_37</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

host:port       <a href="http://ensembldb.ensembl.org:5306/" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204); ">ensembldb.ensembl.org:5306</a></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

<br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">species/group   homo_sapiens/cdna</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

database        homo_sapiens_cdna_63_37</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">host:port       <a href="http://ensembldb.ensembl.org:5306/" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204); ">ensembldb.ensembl.org:5306</a></div>

<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

species/group   homo_sapiens/vega</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">database        homo_sapiens_vega_63_37</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

host:port       <a href="http://ensembldb.ensembl.org:5306/" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204); ">ensembldb.ensembl.org:5306</a></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

<br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">species/group   homo_sapiens/otherfeatures</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

database        homo_sapiens_otherfeatures_63_37</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">host:port       <a href="http://ensembldb.ensembl.org:5306/" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204); ">ensembldb.ensembl.org:5306</a></div>

<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

species/group   homo_sapiens/variation</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">database        homo_sapiens_variation_63_37</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

host:port       <a href="http://ensembldb.ensembl.org:5306/" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204); ">ensembldb.ensembl.org:5306</a></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

<br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">species/group   homo_sapiens/funcgen</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

database        homo_sapiens_funcgen_63_37</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">host:port       <a href="http://ensembldb.ensembl.org:5306/" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204); ">ensembldb.ensembl.org:5306</a></div>

<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

<br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">Why is this query pulling out V63 tables? Should it not be querying the V64 tables instead? Is the current api on the server really v63 instead?</div>

<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">I got the API from : <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html" style="font-family: arial; font-size: small; ">http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html</a></div>

<div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

Your help is most appreciated.</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

Best regards,</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

     Duarte</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

PS:  This is the script I used to query</div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); "><br></div><div style="color: rgb(34, 34, 34); font-family: arial, sans-serif; font-size: 13px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">

<div>#!/usr/bin/perl -w</div><div>#</div><div>use strict;</div><div><br></div><div>#Import Libs</div><div>use lib '/ensembl/v64/ensembl-api/ensembl/modules';<span style="white-space: pre-wrap; ">     </span># points to HG19 ensembl API</div>

<div><br></div><div>#Use ENSEMBL modules</div><div>use Bio::EnsEMBL::Registry;</div><div><br></div><div>my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';</div><div><br></div><div><br></div><div>#Create Registry for connecting to database</div>

<div>$registry->load_registry_from_db( -host => '<a href="http://ensembldb.ensembl.org/" target="_blank" style="color: rgb(17, 85, 204); ">ensembldb.ensembl.org</a>',</div><div><span style="white-space: pre-wrap; ">                               </span>                        -user => 'anonymous');</div>

<div><br></div><div>my @db_adaptors = @{ $registry->get_all_DBAdaptors() };</div><div><br></div><div>foreach my $db_adaptor (@db_adaptors) {</div><div>    my $db_connection = $db_adaptor->dbc();</div><div><br></div>

<div>    printf(</div><div>        "species/group\t%s/%s\ndatabase\t%s\nhost:port\t%s:%s\n\n",</div><div>        $db_adaptor->species(),   $db_adaptor->group(),</div><div>        $db_connection->dbname(), $db_connection->host(),</div>

<div>        $db_connection->port()</div><div>    );</div><div>}</div></div>