Hello!<div><br></div><div>In the process of my masters dissertation I created a mirror of Ensembl web site in a local server. It is up and running except for BLAST and search functionality.</div><div><br></div><div>I've been trying to insert a new species (Drosophila virilis, from FlyBase), but have been unsuccessful so I was wondering if someone could give some pointers!</div>
<div><br></div><div>I've tried to follow the instructions on these two sites:</div><div><br></div><div>- Ensembl doc:</div><div><a href="http://cvs.sanger.ac.uk/cgi-bin/viewvc.cgi/ensembl-doc/loading_sequence_into_ensembl.txt?revision=1.5&root=ensembl&pathrev=MAIN">http://cvs.sanger.ac.uk/cgi-bin/viewvc.cgi/ensembl-doc/loading_sequence_into_ensembl.txt?revision=1.5&root=ensembl&pathrev=MAIN</a></div>
<div><br></div>- Loading an Ensembl species database from scratch<div><a href="http://www.warelab.org/blog/?p=218">http://www.warelab.org/blog/?p=218</a></div><div><br></div><div>I have the genome sequences by scaffold and chromossomes and the CDS in FASTA format. Following the "Loading chromosome sequences and faking the assembly" section of the second link, I adjusted the script given to suit my data. I've managed to insert the data into the MySQL database. </div>
<div><br></div><div>Then, I followed the instructions on <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/webcode/species/index.html">http://www.ensembl.org/info/docs/webcode/species/index.html</a> to make the specie information available from the website.</div>
<div><br></div><div>However, the specie doesn't show up in the list of species (yes, I have deleted config/packed/* and config/config.packed and restarted the server).</div><div>When accessing the URL manually (http://..../Drosophila_virilis/Info/Index) I don't get any error in the log file.</div>
<div><br></div><div>The server is running on top of Fedora 14, if it makes any difference..</div><div><br></div><div>I don't really know what I can do, or what other information I need to give to Ensembl.</div><div><br>
</div><div>Is this not the way to go? </div><div><br></div><div>Sorry for the long email,</div><div>Diogo Costa</div><div>Portugal</div>