Thank you, Karyn! I'll take a look at it and try to see what I am missing.<div>Diogo<br><div><br>On Thursday, October 27, 2011, Karyn Megy  wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Diogo,<br>
<br>
<br>
You can find an Ensembl database populated for "Drosophila virilis" on the Ensembl Genomes website<br>
(<a href="http://metazoa.ensembl.org/Drosophila_virilis/Info/Index/" target="_blank">http://metazoa.ensembl.org/Drosophila_virilis/Info/Index/</a>)<br>
<br>
The MySQL dump is here:<br>
<a href="ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/metazoa/release-11/mysql/drosophila_virilis_core_11_64_12/" target="_blank">ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/metazoa/release-11/mysql/drosophila_virilis_core_11_64_12/</a><br>
<br>
You could use this to make sure your tables are populated properly (or use these files directly). From experience, the meta and analysis_description tables contain lots of information required for proper web display.<br>

<br>
Cheers,<br>
Karyn.<br>
<br>
<br>
<br>
On 27 Oct 2011, at 10:38, Diogo Costa wrote:<br>
<br>
> Hello!<br>
><br>
> In the process of my masters dissertation I created a mirror of Ensembl web site in a local server. It is up and running except for BLAST and search functionality.<br>
><br>
> I've been trying to insert a new species (Drosophila virilis, from FlyBase), but have been unsuccessful so I was wondering if someone could give some pointers!<br>
><br>
> I've tried to follow the instructions on these two sites:<br>
><br>
> - Ensembl doc:<br>
> <a href="http://cvs.sanger.ac.uk/cgi-bin/viewvc.cgi/ensembl-doc/loading_sequence_into_ensembl.txt?revision=1.5&root=ensembl&pathrev=MAIN" target="_blank">http://cvs.sanger.ac.uk/cgi-bin/viewvc.cgi/ensembl-doc/loading_sequence_into_ensembl.txt?revision=1.5&root=ensembl&pathrev=MAIN</a><br>

><br>
> - Loading an Ensembl species database from scratch<br>
> <a href="http://www.warelab.org/blog/?p=218" target="_blank">http://www.warelab.org/blog/?p=218</a><br>
><br>
> I have the genome sequences by scaffold and chromossomes and the CDS in FASTA format. Following the "Loading chromosome sequences and faking the assembly" section of the second link, I adjusted the script given to suit my data. I've managed to insert the data into the MySQL database.<br>

><br>
> Then, I followed the instructions on <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/webcode/species/index.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/webcode/species/index.html</a> to make the specie information available from the website.<br>

><br>
> However, the specie doesn't show up in the list of species (yes, I have deleted config/packed/* and config/config.packed and restarted the server).<br>
> When accessing the URL manually (http://..../Drosophila_virilis/Info/Index) I don't get any error in the log file.<br>
><br>
> The server is running on top of Fedora 14, if it makes any difference..<br>
><br>
> I don't really know what I can do, or what other information I need to give to Ensembl.<br>
><br>
> Is this not the way to go?<br>
><br>
> Sorry for the long email,<br>
> Diogo Costa<br>
> Portugal<br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="javascript:;" onclick="_e(event, 'cvml', 'Dev@ensembl.org')">Dev@ensembl.org</a><br>
> List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
</blockquote></div></div>