Thank you Kathryn!<br><br>Bronwen suggest me to run the script '<a href="http://set_toplevel.pl">set_toplevel.pl</a>' for my core database, better solved my problem than my own solution.<br><br><br><br><div class="gmail_quote">
On Thu, Oct 27, 2011 at 5:40 PM, Kathryn Beal <span dir="ltr"><<a href="mailto:kbeal@ebi.ac.uk">kbeal@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
Thats great - I was in the process of writing a little test script for you to see if you were getting the<br>
toplevel slices. However, I suspect the problem may be a core one and have asked a colleague with more<br>
knowledge of the core database schema to take a look.<br>
<br>
Cheers<br>
<font color="#888888">Kathryn<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
> Hi,<br>
>   I get this to work! edited 'toplevel' to 'scaffold' in ChunkAndGroupDNA.pm<br>
> line 310: chromosomes = $SliceAdaptor->fetch_all('toplevel' ...<br>
><br>
>  It seems that the pipeline failed to find the toplevel of my genome is<br>
> 'scaffold'. I checked coord_system and meta tables, found nowhere to set it.<br>
><br>
><br>
><br>
> On Thu, Oct 27, 2011 at 11:16 AM, Zhang Di <<a href="mailto:aureliano.jz@gmail.com">aureliano.jz@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
>> Hi,<br>
>><br>
>>  Attached is my conf file. I think it is ok, because the analysis table and<br>
>> jo table is ok.<br>
>><br>
>>  The genome_db table is ok.<br>
>><br>
>>  Thank you for your help.<br>
>><br>
>><br>
>> On Wed, Oct 26, 2011 at 9:44 PM, Kathryn Beal <<a href="mailto:kbeal@ebi.ac.uk">kbeal@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
>><br>
>>> Hi,<br>
>>> Could you send me the conf file you used? Can you check in the genome_db<br>
>>> table that the locator field points<br>
>>> to the location of the core database?<br>
>>><br>
>>> Cheers<br>
>>> Kathryn<br>
>>><br>
>>>> Hi<br>
>>>>   I'm trying to use the lowcoverage annotation pipeline. At first, after<br>
>>>> reading docs in ensembl-doc/pipeline-docs, I found that I have to<br>
>>> construct<br>
>>>> a compara database containing the whole-genome-alignment results. Then I<br>
>>>> checkouted ensembl-compara and ensembl-hive, tried to run the wga<br>
>>> pipeline<br>
>>>> according to the following steps:<br>
>>>>   1. downloaded the reference genome mysql files from ensembl, which<br>
>>> works<br>
>>>> fine.<br>
>>>>   2. prepared my interested genome according the guide in<br>
>>>> ensembl-doc/loading_sequence_<br>
>>>> into_ensembl.txt. still seems fine.<br>
>>>>   3. prepared conf file and run comparaLoadGenomes.pl and<br>
>>>> loadPairAlignerSystem.pl. the tables in compara database seems fine.<br>
>>>>   4. run <a href="http://beekeeper.pl" target="_blank">beekeeper.pl</a>. problem ocurs for the second analysis<br>
>>>> ChunkAndGroupDNA, there are two jobs to run, one for the reference<br>
>>> genome<br>
>>>> and the other for my interested genome. The ref genome loaded correctly<br>
>>>> while no data refer to my intersted genome loade in dnafrag,<br>
>>> dnafrag_chunk<br>
>>>> and dna_collection tables. One line in the job_id_3.out (the job id for<br>
>>>> ChunkAndGroupDNA for my interested genome) file is: number of<br>
>>> seq_regions 0<br>
>>>><br>
>>>>   The problem seemed that the pipeline failed to see my genome data.<br>
>>> Should<br>
>>>> I add some special info to the meta table for my interest genome<br>
>>> database?<br>
>>>><br>
>>>>   Thank you.<br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>><br>
>>>> _______________________________________________<br>
>>>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>>>> List admin (including subscribe/unsubscribe):<br>
>>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>>>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
>>><br>
>>><br>
>>> --<br>
>>> Dr Kathryn Beal<br>
>>> EnsEMBL<br>
>>> EMBL-European Bioinformatics Institute       Tel. +44 (0)1223 494458<br>
>>> Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton        Fax. +44 (0)1223 494468<br>
>>> Cambridge CB10 1SD, UK<br>
>>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> Zhang Di<br>
>><br>
><br>
><br>
><br>
<br>
<br>
--<br>
Dr Kathryn Beal<br>
EnsEMBL<br>
EMBL-European Bioinformatics Institute       Tel. +44 (0)1223 494458<br>
Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton        Fax. +44 (0)1223 494468<br>
Cambridge CB10 1SD, UK<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Zhang Di<br>