Hi,<br><br>Thank you, Bronwen! <span class="gD" style="color: rgb(0, 0, 0);"><br><br>It is great to known such a script, for I have found the problem is that the pipeline failed to known the toplevel of my genome is 'scaffold'.<br>
<br>I replied to Kathryn Beal</span> yesterday that I have solved it by replacing 'toplevle' to 'scaffold' in ChunkAndGroupDNA.pm, forgetting to cc the email to the maillist.<br><br>Thank you again, guys!<br>
<br><br><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 27, 2011 at 5:30 PM, Bronwen Aken <span dir="ltr"><<a href="mailto:ba1@sanger.ac.uk">ba1@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div style="word-wrap: break-word;">Hi there,<div><br></div><div>Did the <a href="http://set_toplevel.pl" target="_blank">set_toplevel.pl</a> script run successfully when you were loading your assembly? This script will add seq_region_attributes to your toplevel sequence regions:<br>
<div><br></div><div><div>cd ensembl-pipeline/scripts</div><div>perl ./<a href="http://set_toplevel.pl" target="_blank">set_toplevel.pl</a> -dbhost host -dbuser user -dbname my_db -dbpass ****  -dbport port</div><div><br></div>
<div>Cheers,</div><div>Bronwen</div><font color="#888888"><div><br></div><div><br></div></font><div><div><div></div><div class="h5"><div>On 26 Oct 2011, at 14:15, Zhang Di wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite">
<div><div></div><div class="h5">Hi<br>  I'm trying to use the lowcoverage annotation pipeline. At first,
 after reading docs in ensembl-doc/pipeline-docs, I found that I have to
 construct a compara database containing the whole-genome-alignment 
results. Then I checkouted ensembl-compara and ensembl-hive, tried to 
run the wga pipeline according to the following steps:<br>
  1. downloaded the reference genome mysql files from ensembl, which works fine.<br>  2. prepared my interested genome according the guide in ensembl-doc/loading_sequence_<div>into_ensembl.txt. still seems fine.<br clear="all">



  3. prepared conf file and run <a href="http://comparaLoadGenomes.pl" target="_blank">comparaLoadGenomes.pl</a> and <a href="http://loadPairAlignerSystem.pl" target="_blank">loadPairAlignerSystem.pl</a>. the tables in compara database seems fine.<br>
  4. run <a href="http://beekeeper.pl/" target="_blank">beekeeper.pl</a>.
 problem ocurs for the second analysis ChunkAndGroupDNA, there are two 
jobs to run, one for the reference genome and the other for my 
interested genome. The ref genome loaded correctly while no data refer 
to my intersted genome loade in dnafrag, dnafrag_chunk and 
dna_collection tables. One line in the job_id_3.out (the job id for 
ChunkAndGroupDNA for my interested genome) file is: number of 
seq_regions 0<br>
  <br>  The problem seemed that the pipeline failed to see my genome 
data. Should I add some special info to the meta table for my interest 
genome database? <br><br>  Thank you.</div><br clear="all"><br>-- <br>Zhang Di<br></div></div><div class="im">
_______________________________________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br></div></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Zhang Di<br>