Hi,<div>   Strange things here. </div><div>   I have run ensembl-compara pipeline for whole genome alignment successfully a week before.</div><div>   When I try to run it again on yesterday, It stoped at StoreSequence step, compaining that:</div>
<div><br></div><div>  DBI::mysql::do do failed: 'job_file' was not locked with LOCK TABLES at: /mydir/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBConnection.pm line 769.</div><div>  DBI::mysql::do do failed: 'job_file' was not locked with LOCK TABLES at: /mydir/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBConnection.pm line 769.</div>
<div><br></div><div>After some debug work, I found that it could not execute the sql statement 'DELETE from job_file WHERE job_id=xxx AND worker_id=xx';</div><div>I tried to work around it by modify the DBConnection.pm, replaced line 769:</div>
<div><br></div><div>                     my $result = $self->db_handle->do($string);</div><div>                     </div><div>                     TO:</div><div>                     my $result;</div><div>                     system "mysql -ppassword $self>{_dbname} -e '$string'";</div>
<div>                     $result=1;</div><div><br></div><div>It worked! But the pipeline still stoped complaining that:</div><div>DBD::mysql::st execute failed: Table 'job_file' was not locked with LOCK TABLES at /mydir/ensembl-hive/modules/Bio/EnsEMBL/Hive/DBSQL/AnalysisJobAdaptor.pm line 466.</div>
<div><div>DBD::mysql::st execute failed: Table 'job_file' was not locked with LOCK TABLES at /mydir/ensembl-hive/modules/Bio/EnsEMBL/Hive/DBSQL/AnalysisJobAdaptor.pm line 466.</div></div><div><br></div><div>Seems another place failed to execute some sql statement related to 'job_file'.</div>
<div><br></div><div>---------------------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>When I terminate (Ctrl-C) the pipeline.  The same statement ran without any problem in a test perl script:</div>
<div><br></div><div>#!/usr/bin/perl -w</div><div>use DBI;</div><div>my $dbh = DBI->connect("DBI:mysql:mydb:localhost","user","pass"); </div><div>my $string = "DELETE FROM job_file WHERE job_id=xxx AND worker_id=xx";</div>
<div>$dbh->do($string);</div><div><br></div><div>---------------------------------------------------------------------------------------------</div><div>Any suggestions?</div><div><br></div><div><br></div><div>Best Reguards.</div>
<div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>-- <br>Zhang Di<br>
</div>