Never Mind! my fault.<div><br></div><div>I have added some debug lines that ruined the whole pipeline. <br><br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 20, 2011 at 2:46 PM, Zhang Di <span dir="ltr"><<a href="mailto:aureliano.jz@gmail.com">aureliano.jz@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div>more info:</div><div><br></div>Seems that the pipeline LOCKed  TABLE 'sequence' just before the DELETE statement.<div>
<br></div><div>But no sequence really inserted into the TABLE 'sequence', and no 'UNLOCK TABLES' executed.<br>
<div><br></div><div>still working...</div><div><div><div class="h5"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 20, 2011 at 2:23 PM, Zhang Di <span dir="ltr"><<a href="mailto:aureliano.jz@gmail.com" target="_blank">aureliano.jz@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<div>   Strange things here. </div><div>   I have run ensembl-compara pipeline for whole genome alignment successfully a week before.</div>

<div>   When I try to run it again on yesterday, It stoped at StoreSequence step, compaining that:</div>
<div><br></div><div>  DBI::mysql::do do failed: 'job_file' was not locked with LOCK TABLES at: /mydir/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBConnection.pm line 769.</div><div>  DBI::mysql::do do failed: 'job_file' was not locked with LOCK TABLES at: /mydir/ensembl/modules/Bio/EnsEMBL/DBSQL/DBConnection.pm line 769.</div>


<div><br></div><div>After some debug work, I found that it could not execute the sql statement 'DELETE from job_file WHERE job_id=xxx AND worker_id=xx';</div><div>I tried to work around it by modify the DBConnection.pm, replaced line 769:</div>


<div><br></div><div>                     my $result = $self->db_handle->do($string);</div><div>                     </div><div>                     TO:</div><div>                     my $result;</div><div>                     system "mysql -ppassword $self>{_dbname} -e '$string'";</div>


<div>                     $result=1;</div><div><br></div><div>It worked! But the pipeline still stoped complaining that:</div><div>DBD::mysql::st execute failed: Table 'job_file' was not locked with LOCK TABLES at /mydir/ensembl-hive/modules/Bio/EnsEMBL/Hive/DBSQL/AnalysisJobAdaptor.pm line 466.</div>


<div><div>DBD::mysql::st execute failed: Table 'job_file' was not locked with LOCK TABLES at /mydir/ensembl-hive/modules/Bio/EnsEMBL/Hive/DBSQL/AnalysisJobAdaptor.pm line 466.</div></div><div><br></div><div>Seems another place failed to execute some sql statement related to 'job_file'.</div>


<div><br></div><div>---------------------------------------------------------------------------------------------</div><div><br></div><div>When I terminate (Ctrl-C) the pipeline.  The same statement ran without any problem in a test perl script:</div>


<div><br></div><div>#!/usr/bin/perl -w</div><div>use DBI;</div><div>my $dbh = DBI->connect("DBI:mysql:mydb:localhost","user","pass"); </div><div>my $string = "DELETE FROM job_file WHERE job_id=xxx AND worker_id=xx";</div>


<div>$dbh->do($string);</div><div><br></div><div>---------------------------------------------------------------------------------------------</div><div>Any suggestions?</div><div><br></div><div><br></div><div>Best Reguards.</div>

<span><font color="#888888">
<div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div>-- <br>Zhang Di<br>
</div>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">-- <br>Zhang Di<br>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Zhang Di<br>
</div>