<br>Hi ensemblers, <br><span class="a1"><strong><span style="font-weight: normal;"><br>
I like to compare  the frequency of some observed SNP's against a global minor allele frequency. I usually do this manually via NCBI / dbSNP. <br><br>I.e. i look for rs232 here :  <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?rs=232">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?rs=232</a><br>
<br>and the site reports a MAF of </span></strong></span><strong><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf">MAF/MinorAlleleCount:</a></strong>A=0.104/228 <br><span class="a1"><strong><span style="font-weight: normal;"><br>
NCBI/dbSNP defines the MAF like this : <br><br></span></strong></span><span class="a1"><strong>Global minor allele frequency (MAF):</strong></span><strong><span>  </span></strong><span>dbSNP is reporting the </span>minor
 allele frequency for each rs included in  a default global population. 
Since this is being provided to distinguish common polymorphism from 
rare variants, the MAF is actually the second most frequent allele 
value. In other words, if there are 3 alleles, with frequencies of 0.50,
 0.49, and 0.01, the MAF will be reported as 0.49. The current default 
global population is <span>1000Genome phase 1 genotype data</span> from 1094 worldwide individuals, released in the <a href="http://www.1000genomes.org/node/506">May 2011</a> dataset. <br><br><br><span class="a1"><strong><span style="font-weight: normal;">So here's my question: </span></strong></span>Does Ensembl have a similar concept of a <span class="a1"><strong>Global minor allele frequency (MAF) <span style="font-weight: normal;">, and if so, how can I retrieve this data via API ? I don't like to loop trough all allele frequencies and calculate this for myself... <br>
<br>I had a look the variation tutorial </span></strong></span><cite>www.<b>ensembl</b>.org/info/docs/api/variation/variation_tutorial.html </cite><span class="a1"><strong><span style="font-weight: normal;">and at the dev list archive and only came across this (un-answered) post  - <a href="http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2010-December/000641.html">http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2010-December/000641.html</a> which did not help very much. <br>
<br>I also peeked into the sample-table <a href="mailto:anonymous@ensembldb.ensembl.org">anonymous@ensembldb.ensembl.org</a> : homo_sapiens_variation_64_37 to check if such freq is maybe stored as a 'global' sample to link between allele frequency but did not find anything... <br>
<br></span><br><span style="font-weight: normal;">Thanks, </span><br style="font-weight: normal;"><span style="font-weight: normal;">    Peter</span><br></strong></span>