<div>Hi,</div><div><div><br></div><div><br></div></div><div>   I'm running the compara pipeline for 2x alignment (first run PairAligner then Chain Net).</div><div>   The raw and chain steps works fine.</div><div>   the pipeline failed at the CreateAlignmentNetsJobs step complaining that: </div>
<div><br></div><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><div>Job with id=8380 died in status 'RUN' for the following reason: Can't locate object method "dnafrag" via package "Bio::EnsEMBL::Compara::Production::DnaFragChunkSet" at /data/ensembl/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/Production/GenomicAlignBlock/CreateAlignmentNetsJobs.pm line 200.</div>
</blockquote><div><br></div><div>   After some  debug effort (just print "$qy_dna_object";), I found that $qy_dna_object is an instance of Bio::EnsEMBL::Compara::Production::DnaFragChunk, and this class has the method 'dnafrag'.</div>
<div><div><br></div><div>   I'm not very familiar with perl object-oriented system. why did it try to find method 'dnafrag' via package Bio::EnsEMBL::Compara::Production::DnaFragChunkSet while the data is an instance of DnaFragChunk?</div>
</div><div><br></div>-- <br>Zhang Di<br>