<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Dear Zhang<br>
    <br>
    As you mention, if the object is a
    Bio::EnsEMBL::Compara::Production::DnaFragChunk, Perl should be
    looking for the 'dnafrag' method in that module (or one of its
    parents).<br>
    <br>
    I have noticed that this call is made in a loop. Could you please
    check that the $qy_dna_object is always a
    Bio::EnsEMBL::Compara::Production::DnaFragChunk object? I am
    guessing that in subsequent iterations, the variable is set to
    something different.<br>
    <br>
    Could also please tell us what version of the API you are using?<br>
    <br>
    Thanks<br>
    <br>
    Javier<br>
    <br>
    On 01/12/11 08:14, Zhang Di wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAMHeD-dPYaBz7veR42MxoTrVKsTHt9MDMVacv-E+XQtBsPCmBg@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div>Hi,</div>
      <div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
      </div>
      <div>   I'm running the compara pipeline for 2x alignment (first
        run PairAligner then Chain Net).</div>
      <div>   The raw and chain steps works fine.</div>
      <div>   the pipeline failed at the CreateAlignmentNetsJobs step
        complaining that: </div>
      <div><br>
      </div>
      <blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding:
        0px;">
        <div>Job with id=8380 died in status 'RUN' for the following
          reason: Can't locate object method "dnafrag" via package
          "Bio::EnsEMBL::Compara::Production::DnaFragChunkSet" at
          /data/ensembl/ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/Production/GenomicAlignBlock/CreateAlignmentNetsJobs.pm
          line 200.</div>
      </blockquote>
      <div><br>
      </div>
      <div>   After some  debug effort (just print "$qy_dna_object";), I
        found that $qy_dna_object is an instance of
        Bio::EnsEMBL::Compara::Production::DnaFragChunk, and this class
        has the method 'dnafrag'.</div>
      <div>
        <div><br>
        </div>
        <div>   I'm not very familiar with perl object-oriented
          system. why did it try to find method 'dnafrag' via
          package Bio::EnsEMBL::Compara::Production::DnaFragChunkSet
          while the data is an instance of DnaFragChunk?</div>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      -- <br>
      Zhang Di<br>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
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</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Javier Herrero, PhD
Ensembl Compara Project Leader
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton
Cambridge - CB10 1SD - UK</pre>
  </body>
</html>