Hi-<div><br></div><div><div>VEP reports versioned ENST and ENSP identifiers when using the --hgvs switch. The hgvs_coding and hgvs_protein columns in the transcript_variation table also contain versioned identifiers.</div>


<div><br></div><div>This is the first time I've come across versioned identifiers in Ensembl. I'm unable to find much information on them. Searching for a versioned identifier on the Ensembl website fails, but using the corresponding version-less identifier works. Similarly in the API, Bio::EnsEMBL::Transcript::fetch_by_stable_id does't support versioned identifiers and there's no corresponding method for versioned identifiers. So, as far as I can tell, versioned identifiers are stored and reported by VEP, but there's no way to use them as-is for transcript lookup.</div>


</div><div><br></div><div>Do I have this right or am I missing something?</div>
<div><br></div><div>Thanks,</div><div>Reece</div><div><br></div>