Hi-<div><br></div><div>I'd like to be able to extract genomic sequences within MySQL itself, something like (roll dream music):</div><div><br></div><div>CREATE VIEW variant_context AS</div><div>SELECT chr, start, stop, seq,</div>
<div>  fetch_by_region('chromosome',chr,start-25,start-1) AS left_flank,</div><div>  fetch_by_region('chromosome',chr,end+1,end+25) AS right_flank</div><div>FROM variants;</div><div><br></div><div>Anyone ever tried to write the analog of the slice_adapter as a MySQL procedure?</div>
<div><br></div><div>Thanks,<br>Reece</div><div><br></div>