<div class="gmail_quote">On Mon, Jan 16, 2012 at 3:04 AM, Kieron Taylor <span dir="ltr"><<a href="mailto:ktaylor@ebi.ac.uk">ktaylor@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin-top:0px;margin-right:0px;margin-bottom:0px;margin-left:0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
It is true that versioned identifiers are not really intended for external use.</blockquote><div><br></div><div>On Mon, Jan 16, 2012 at 3:12 AM, Will McLaren <span dir="ltr"><<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk">wm2@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:</div>
</div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div id=":uk">we are required by HGVS standards to provide a<br>
version number with any transcript or protein identifier that we list<br>
as part of HGVS notation.</div></blockquote></div><br><div class="gmail_quote"><div>Kieron, Will-</div><div><br></div><div><div>Thanks for the quick explanations. I was afraid I was missing something about identifier versions and the API.</div>
</div></div><div><br></div><div>The language regarding versioned identifiers is *should*, not *must*. The HGVS "nomenclature" was written with NCBI in mind, and this inclination has become increasingly explicit over time. For example, the General Recommendations (<a href="http://www.hgvs.org/mutnomen/recs.html">http://www.hgvs.org/mutnomen/recs.html</a>) state "the DNA reference sequence used should preferably be from the RefSeq database, listing both database accession and version number (like NM_004006.2)". Other areas suggest "accession.version" but don't recommend NCBI, which gives the impression that one should conjure up a version from somewhere.</div>
<div><br></div><div>VEP is terrific. Thanks!</div><div><br></div><div>-Reece</div><div><br></div>