<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
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I need more details on how to do the mapping between RNAseq and the core?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>Here is what I have: <o:p></o:p></span></p><p class=MsoListParagraph style='text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1'><![if !supportLists]><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'><span style='mso-list:Ignore'>1)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'> </span></span></span><![endif]><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>I have home_sapiens_rnaseq_65_37 (<a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-65/mysql/homo_sapiens_rnaseq_65_37/">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-65/mysql/homo_sapiens_rnaseq_65_37/</a>) data from ENSEMBL (all the mysql files), and I had the table created with all the data files, including gene, transcript tables. In gene and transcript tables, we have gene_id as one of their columns. <o:p></o:p></span></p><p class=MsoListParagraph style='text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1'><![if !supportLists]><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'><span style='mso-list:Ignore'>2)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'> </span></span></span><![endif]><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>I downloaded the home_sapiens-core_65_37 (<a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-65/mysql/homo_sapiens_core_65_37/">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-65/mysql/homo_sapiens_core_65_37/</a> ) <b>gene/transcript/seq_region</b> tables. I was hoping to find the stable_id like ‘</span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>ROUGHG00000203265-v5.1-74-747-3-NC-0—1’ in the core tables, but </span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>did not find any. I also tried to map seq_region_id/seq_region_start/seq_region_end/ to the core_gene seq_region_id/seq_region_start/seq_region_end witout success.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoListParagraph style='text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo1'><![if !supportLists]><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'><span style='mso-list:Ignore'>3)<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'> </span></span></span><![endif]><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>Here are my questions:<o:p></o:p></span></p><p class=MsoListParagraph style='margin-left:1.0in;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level2 lfo1'><![if !supportLists]><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'><span style='mso-list:Ignore'>a.<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'> </span></span></span><![endif]><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>which tables should I use to map the RNASEQ_gene to the core_gene?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoListParagraph style='margin-left:1.0in;text-indent:-.25in;mso-list:l0 level2 lfo1'><![if !supportLists]><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'><span style='mso-list:Ignore'>b.<span style='font:7.0pt "Times New Roman"'> </span></span></span><![endif]><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>What is the best way to map core_gene “ENSG000….’ To hugo gene?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>Many thanks for your help.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>Best,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>Ying<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Thibaut Hourlier [mailto:th3@sanger.ac.uk] <br><b>Sent:</b> Monday, February 13, 2012 6:53 AM<br><b>To:</b> Li, Ying L {PXTP~Nutley}<br><b>Cc:</b> dev@ensembl.org<br><b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] FW: Download human body map 2.0 transcript coordinates<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Dear Ying,<br>The easiest would be to use the Ensembl Human database which you can download from the ftp site: <a href="http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html">http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html</a>, then the mapping will work because you will have the Ensembl coordinates.<br><br>If you are trying to map directly Ensembl data from the Human body map to a UCSC database it won't work because the internal id like seq_region_id are different.<br>You will need to use the seq_region names which you can found in the seq_region table (Ensembl schema). As we are also using GRCh37, the seq_region names will be the same, but for the chromosome, it will be "chr1" in UCSC and "1" in Ensembl for the chromosome 1.<br><br>In the perl code of my previous message, I was getting the coordinates of a known gene in the human database. Then using the coordinates of the genes, I was fetching all the transcripts from the RNASeq database that are overlapping the region. This is why I used a stable id like "ENSG00....".<br><br>Regards,<br>Thibaut<br><br>On 10/02/12 18:36, Li, Ying L wrote: <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>Dear Thibaut,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>Thanks for your reply. I am not using the API at this moment. The stable Id from the ‘gene’ table is more starting with ENSG, but ‘ROUGHG00000203265-v5.1-74-747-3-NC-0—1’. So, I tried to map the seq_region(_id/_start/_end/_strand) USCS ‘gene coord’ of GRch37 without any success. Did I use the wrong coord (USCS)?</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>Thanks a lot for your help,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>Best,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'>Ying</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext'> Thibaut Hourlier [<a href="mailto:th3@sanger.ac.uk">mailto:th3@sanger.ac.uk</a>] <br><b>Sent:</b> Monday, January 30, 2012 9:44 AM<br><b>To:</b> Li, Ying L {PXTP~Nutley}<br><b>Cc:</b> <a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a><br><b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] FW: Download human body map 2.0 transcript coordinates</span><o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Dear Ying,<br>As I said on the link you are quoting, we recommend people to use the perl API : <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/index.html">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/index.html</a><br><br>The only way you can map the reads with a gene is with the seq_region(_id/_start/_end/_strand) information.<br>If you know the stable id (ENSG000....) of the gene you are interested in, it's quite simple with the API:<o:p></o:p></p><pre>$db = new Bio::EnsEMBL::DBAdaptor(<o:p></o:p></pre><pre> -host => 'ensembldb.ensembl.org',<o:p></o:p></pre><pre> -port => 5306,<o:p></o:p></pre><pre> -user => 'anonymous',<o:p></o:p></pre><pre> -dbname => 'homo_sapiens_core_65_37');<o:p></o:p></pre><pre>$ga = $db->get_GeneAdaptor();<o:p></o:p></pre><pre>$gene = $ga->fetch_by_stable_id("ENSG000XXXX");<o:p></o:p></pre><pre>$slice = $gene->slice;<o:p></o:p></pre><pre>$rnaseqdb = new Bio::EnsEMBL::DBAdaptor(<o:p></o:p></pre><pre> -host => 'ensembldb.ensembl.org',<o:p></o:p></pre><pre> -port => 5306,<o:p></o:p></pre><pre> -user => 'anonymous',<o:p></o:p></pre><pre> -dbname => 'homo_sapiens_rnaseq_65_37');<o:p></o:p></pre><pre>$rnaseqsa = $rnaseqdb->get_SliceAdaptor();<o:p></o:p></pre><pre>$rnaseqslice = $rnaseqsa->fetch_by_name($slice->name);<o:p></o:p></pre><pre>@transcripts = @{$rnaseqslice->get_all_Transcripts('skeletal_rnaseq')};<o:p></o:p></pre><pre>foreach my $transcript (@transcripts) {<o:p></o:p></pre><pre> foreach my $sf (@{$transcript->get_all_supporting_features()}) {<o:p></o:p></pre><pre> #We print the number of reads that spanned accross the intron<o:p></o:p></pre><pre> print STDOUT $sf->hit_name, ' :', $sf->score, "\n";<o:p></o:p></pre><pre> }<o:p></o:p></pre><pre>}<o:p></o:p></pre><p class=MsoNormal>The number of reads that span the introns is the score you can find in the dna_align_feature table of the rnaseq database.<br><br>Regards,<br>Thibaut<br><br><br>On 27/01/12 19:09, Li, Ying L wrote:<br><br><br><o:p></o:p></p><pre>Dear Thibaut,<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>I am trying to get the ensemble human bodymap with gene or transcript. And I followed your instruction at the this blog site: <a href="http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2011-August/001593.html">http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2011-August/001593.html</a><o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>I am able to setup an oracle schema to do the following query:<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>SELECT t.* , sr.name<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>FROM rnaseq37_analysis a, rnaseq37_transcript t<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>LEFT JOIN rnaseq37_seq_region sr<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>ON sr.seq_region_id = t.seq_region_id<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>WHERE t.analysis_id = a.analysis_id<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>AND a.logic_name = 'skeletal_rnaseq'<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>;<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>TRANSCRIPT_ID<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>GENE_ID<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>ANALYSIS_ID<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>SEQ_REGION_ID<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>SEQ_REGION_START<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>SEQ_REGION_END<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>SEQ_REGION_STRAND<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>DISPLAY_XREF_ID<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>BIOTYPE<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>STATUS<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>DESCRIPTION<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>IS_CURRENT<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>CANONICAL_TRANSLATION_ID<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>STABLE_ID<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>VERSION<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>CREATED_DATE<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>MODIFIED_DATE<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>NAME<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>840249<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>585754<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>8244<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>27517<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>184298181<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>184300196<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>1<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>\N<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>protein_coding<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>\N<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>1<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>593641<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>ROUGHT00000241809<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>1<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>3<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>840251<o:p></o:p></pre><pre> 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In additional, do you know if there is a ‘# of read” for the rnaseq data?<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>Thanks a lot for your help,<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>Best regards,<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>Ying<o:p></o:p></pre><p class=MsoNormal><br><br><br><o:p></o:p></p><pre> <o:p></o:p></pre><pre>Hi there,<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>I am on your mailing list, so resubmitting this question -- see attached file.<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>Thanks a lot for your help.<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>Best,<o:p></o:p></pre><pre>Ying<o:p></o:p></pre><pre>-----Original Message-----<o:p></o:p></pre><pre>From: <a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">dev-bounces@ensembl.org</a> [<a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">mailto:dev-bounces@ensembl.org</a>] On Behalf Of <a href="mailto:dev-owner@ensembl.org">dev-owner@ensembl.org</a><o:p></o:p></pre><pre>Sent: Wednesday, January 25, 2012 4:52 PM<o:p></o:p></pre><pre>To: Li, Ying L {PXTP~Nutley}<o:p></o:p></pre><pre>Subject: Re: [ensembl-dev] Download human body map 2.0 transcript coordinates<o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><pre>The Ensembl dev mailing list only accepts postings from people who are subscribed. You can subscribe or unsubscribe at <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><o:p></o:p></pre><pre> <o:p></o:p></pre><p class=MsoNormal><br><br><br><br><o:p></o:p></p><pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre><pre>Dev mailing list <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><o:p></o:p></pre><pre>List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><o:p></o:p></pre><pre>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a><o:p></o:p></pre><p class=MsoNormal><br>-- The Wellcome Trust Sanger Institute is operated by Genome Research Limited, a charity registered in England with number 1021457 and a company registered in England with number 2742969, whose registered office is 215 Euston Road, London, NW1 2BE. <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal><br>-- The Wellcome Trust Sanger Institute is operated by Genome Research Limited, a charity registered in England with number 1021457 and a company registered in England with number 2742969, whose registered office is 215 Euston Road, London, NW1 2BE. <o:p></o:p></p></div></body></html>