<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
Dear Ying,<br>
The easiest would be to use the Ensembl Human database which you can
download from<a href="http://www.ensembl.org"></a> the ftp site: <a
href="http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html">http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html</a>,
then the mapping will work because you will have the Ensembl
coordinates.<br>
<br>
If you are trying to map directly Ensembl data from the Human body
map to a UCSC database it won't work because the internal id like
seq_region_id are different.<br>
You will need to use the seq_region names which you can found in the
seq_region table (Ensembl schema). As we are also using GRCh37, the
seq_region names will be the same, but for the chromosome, it will
be "chr1" in UCSC and "1" in Ensembl for the chromosome 1.<br>
<br>
In the perl code of my previous message, I was getting the
coordinates of a known gene in the human database. Then using the
coordinates of the genes, I was fetching all the transcripts from
the RNASeq database that are overlapping the region. This is why I
used a stable id like "ENSG00....".<br>
<br>
Regards,<br>
Thibaut<br>
<br>
On 10/02/12 18:36, Li, Ying L wrote:
<blockquote
cite="mid:E46287FE394C3C48A4809C14644D5125012B8B97A1@RNUMSEM706.nala.roche.com"
type="cite">
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<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Dear
Thibaut,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Thanks
for your reply. I am not using the API at this moment. The
stable Id from the ‘gene’ table is more starting with ENSG,
but ‘ROUGHG00000203265-v5.1-74-747-3-NC-0—1’. So, I tried to
map the seq_region(_id/_start/_end/_strand) USCS ‘gene
coord’ of GRch37 without any success. Did I use the wrong
coord (USCS)?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Thanks
a lot for your help,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Best,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Ying<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF
1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">From:</span></b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">
Thibaut Hourlier [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:th3@sanger.ac.uk">mailto:th3@sanger.ac.uk</a>] <br>
<b>Sent:</b> Monday, January 30, 2012 9:44 AM<br>
<b>To:</b> Li, Ying L {PXTP~Nutley}<br>
<b>Cc:</b> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] FW: Download human
body map 2.0 transcript coordinates<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Dear Ying,<br>
As I said on the link you are quoting, we recommend people to
use the perl API : <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/index.html">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/index.html</a><br>
<br>
The only way you can map the reads with a gene is with the
seq_region(_id/_start/_end/_strand) information.<br>
If you know the stable id (ENSG000....) of the gene you are
interested in, it's quite simple with the API:<o:p></o:p></p>
<pre>$db = new Bio::EnsEMBL::DBAdaptor(<o:p></o:p></pre>
<pre> -host => 'ensembldb.ensembl.org',<o:p></o:p></pre>
<pre> -port => 5306,<o:p></o:p></pre>
<pre> -user => 'anonymous',<o:p></o:p></pre>
<pre> -dbname => 'homo_sapiens_core_65_37');<o:p></o:p></pre>
<pre>$ga = $db->get_GeneAdaptor();<o:p></o:p></pre>
<pre>$gene = $ga->fetch_by_stable_id("ENSG000XXXX");<o:p></o:p></pre>
<pre>$slice = $gene->slice;<o:p></o:p></pre>
<pre>$rnaseqdb = new Bio::EnsEMBL::DBAdaptor(<o:p></o:p></pre>
<pre> -host => 'ensembldb.ensembl.org',<o:p></o:p></pre>
<pre> -port => 5306,<o:p></o:p></pre>
<pre> -user => 'anonymous',<o:p></o:p></pre>
<pre> -dbname => 'homo_sapiens_rnaseq_65_37');<o:p></o:p></pre>
<pre>$rnaseqsa = $rnaseqdb->get_SliceAdaptor();<o:p></o:p></pre>
<pre>$rnaseqslice = $rnaseqsa->fetch_by_name($slice->name);<o:p></o:p></pre>
<pre>@transcripts = @{$rnaseqslice->get_all_Transcripts('skeletal_rnaseq')};<o:p></o:p></pre>
<pre>foreach my $transcript (@transcripts) {<o:p></o:p></pre>
<pre> foreach my $sf (@{$transcript->get_all_supporting_features()}) {<o:p></o:p></pre>
<pre> #We print the number of reads that spanned accross the intron<o:p></o:p></pre>
<pre> print STDOUT $sf->hit_name, ' :', $sf->score, "\n";<o:p></o:p></pre>
<pre> }<o:p></o:p></pre>
<pre>}<o:p></o:p></pre>
<p class="MsoNormal">The number of reads that span the introns
is the score you can find in the dna_align_feature table of
the rnaseq database.<br>
<br>
Regards,<br>
Thibaut<br>
<br>
<br>
On 27/01/12 19:09, Li, Ying L wrote:<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<pre>Dear Thibaut,<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>I am trying to get the ensemble human bodymap with gene or transcript. And I followed your instruction at the this blog site: <a moz-do-not-send="true" href="http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2011-August/001593.html">http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2011-August/001593.html</a><o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>I am able to setup an oracle schema to do the following query:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>SELECT t.* , sr.name<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>FROM rnaseq37_analysis a, rnaseq37_transcript t<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>LEFT JOIN rnaseq37_seq_region sr<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>ON sr.seq_region_id = t.seq_region_id<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>WHERE t.analysis_id = a.analysis_id<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>AND a.logic_name = 'skeletal_rnaseq'<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>;<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>TRANSCRIPT_ID<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>GENE_ID<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>ANALYSIS_ID<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>SEQ_REGION_ID<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>SEQ_REGION_START<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>SEQ_REGION_END<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>SEQ_REGION_STRAND<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>DISPLAY_XREF_ID<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>BIOTYPE<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>STATUS<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>DESCRIPTION<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>IS_CURRENT<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>CANONICAL_TRANSLATION_ID<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>STABLE_ID<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>VERSION<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>CREATED_DATE<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>MODIFIED_DATE<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>NAME<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>840249<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>585754<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>27517<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>184298181<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>184300196<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>593641<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>ROUGHT00000241809<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>3<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>840251<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>585756<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>27523<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>74332013<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>74659111<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>-1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>593643<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>ROUGHT00000241811<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>8<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>840252<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>585758<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>27523<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>74702071<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>74742711<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>-1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>593644<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>ROUGHT00000241812<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>8<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>840254<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>585759<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>27523<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>74857620<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>74885297<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>-1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>593646<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>ROUGHT00000241814<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>8<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>840256<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>585761<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>27523<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>74887723<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>74895618<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>593648<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>ROUGHT00000241816<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
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<pre><o:p> </o:p></pre>
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<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
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<pre><o:p> </o:p></pre>
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<pre>Now I need to map the gene_id or transcript_id to some kind of standard id (eg ensg00000*****) so that I can tell what gene is the gene_id regards to, do you know what is the best way to do so? if you can tell me how to map the gene_id? In additional, do you know if there is a ‘# of read” for the rnaseq data?<o:p></o:p></pre>
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<pre>Thanks a lot for your help,<o:p></o:p></pre>
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<pre>Best regards,<o:p></o:p></pre>
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<pre>Hi there,<o:p></o:p></pre>
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<pre>I am on your mailing list, so resubmitting this question -- see attached file.<o:p></o:p></pre>
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<pre>Thanks a lot for your help.<o:p></o:p></pre>
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<pre>Best,<o:p></o:p></pre>
<pre>Ying<o:p></o:p></pre>
<pre>-----Original Message-----<o:p></o:p></pre>
<pre>From: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">dev-bounces@ensembl.org</a> [<a moz-do-not-send="true" href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">mailto:dev-bounces@ensembl.org</a>] On Behalf Of <a moz-do-not-send="true" href="mailto:dev-owner@ensembl.org">dev-owner@ensembl.org</a><o:p></o:p></pre>
<pre>Sent: Wednesday, January 25, 2012 4:52 PM<o:p></o:p></pre>
<pre>To: Li, Ying L {PXTP~Nutley}<o:p></o:p></pre>
<pre>Subject: Re: [ensembl-dev] Download human body map 2.0 transcript coordinates<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>The Ensembl dev mailing list only accepts postings from people who are subscribed. You can subscribe or unsubscribe at <a moz-do-not-send="true" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><o:p></o:p></pre>
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<pre>Dev mailing list <a moz-do-not-send="true" href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><o:p></o:p></pre>
<pre>List admin (including subscribe/unsubscribe): <a moz-do-not-send="true" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><o:p></o:p></pre>
<pre>Ensembl Blog: <a moz-do-not-send="true" href="http://www.ensembl.info/">http://www.ensembl.info/</a><o:p></o:p></pre>
<p class="MsoNormal"><br>
-- The Wellcome Trust Sanger Institute is operated by Genome
Research Limited, a charity registered in England with number
1021457 and a company registered in England with number
2742969, whose registered office is 215 Euston Road, London,
NW1 2BE. <o:p></o:p></p>
</div>
</blockquote>
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