<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear all<div><br></div><div>I have vcf files generated for individual chromosomes from a human resequencing project. I was wondering if somebody could get me started with ways to use the variation api.</div><div><br></div><div>I am mainly interested in knowing following from my vcf files.</div><div><br></div><div>Is the variation in vcf is found in dbSNP and if yes, is it the same genotype as the one in my vcf file?</div><div>Is the variation implicated in NHGRI_GWAS catalogue or not?</div><div><br></div><div>I have tried reading documentation on variation api and i am not able to come up with a way to do this. </div><div><br></div><div>I am able to use parse_vcf subroutine to parse vcf line and get a variation feature object. I am getting stuck after that in that I am not sure how to use the variationfeature to ask the above questions.</div><div><br></div><div>Any help is greatly appreciated.</div><div><br></div><div><br></div><div><div apple-content-edited="true"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-style: normal; font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="font-family: Courier; font-weight: normal; "><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'"><b>Kind regards</b></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'"><b><br></b></font></div><div style="font-family: Courier; font-weight: normal; "><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'"><b><br></b></font></div><div style="font-family: Courier; font-weight: normal; "><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'"><b>Hardip R. Patel, PhD</b></font></div><div style="font-family: Courier; font-weight: normal; "><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'"><i>Post-doctoral Research Fellow</i></font></div><div style="font-family: Courier; font-weight: normal; "><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'"><br></font></div><div style="font-family: Courier; font-weight: normal; "><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">Genome Discovery Unit and RNA Biology Lab</font></div><div style="font-family: Courier; font-weight: normal; "><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">Genome Biology Department</font></div><div style="font-family: Courier; font-weight: normal; "><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">The John Curtin School of Medical Research</font></div><div style="font-family: Courier; font-weight: normal; "><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">College of Medicine, Biology and Environment</font></div><div style="font-family: Courier; font-weight: normal; "><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">The Australian National University</font></div></div><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-weight: normal; border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">Building 131, Garran Road, ANU Campus, Acton - 0200, ACT, Australia</font></div></div></span><span class="Apple-style-span" style="font-family: Courier; font-weight: normal; border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">Email: <a href="mailto:hardip.patel@anu.edu.au">hardip.patel@anu.edu.au</a>, <a href="mailto:patelhardip@gmail.com">patelhardip@gmail.com</a></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">Phone Number: (+61) 0449 180 715</font></div><div style="font-family: Courier; font-size: medium; font-weight: normal; font-style: normal; "><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br></div></body></html>