<html>
<head>
<meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
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</head>
<body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
Dear Ying,<br>
<br>
On 15/02/12 18:23, Li, Ying L wrote:
<blockquote
cite="mid:E46287FE394C3C48A4809C14644D5125012B935189@RNUMSEM706.nala.roche.com"
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<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Dear
Thibaut,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 10pt; font-family:
"Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
125);">Thanks a lot for your detailed reply, I really
appreciate it. So, you would suggest to use API, instead
of mysql, correct? If I use mysql, </span><br>
</p>
</div>
</blockquote>
Yes we recommend the API instead of MySQL queries.
<blockquote
cite="mid:E46287FE394C3C48A4809C14644D5125012B935189@RNUMSEM706.nala.roche.com"
type="cite">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">
<span style="font-size: 10pt; font-family:
"Arial","sans-serif"; color: rgb(31, 73,
125);">it looks like I will end up with many ENSG_ids for
each ROUGHG_id? And how do I know which one is which? How
did API decides </span></p>
</div>
</blockquote>
The API look for all the genes that overlap the region of interest.
On the example in my previous email,<br>
only ENSG00000107249 is overlapping the RNASeq gene. The MySQL query
returns these extra genes, because ENSG00000107249 is long and
overlaps other genes which don't overlap the RNASeq gene.<br>
<br>
I'm posting again the perl code I put on the previous email because
it couldn't work<br>
<br>
$rnaseqdb = new Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor(<br>
-host => 'ensembldb.ensembl.org',<br>
-port => 5306,<br>
-user => 'anonymous',<br>
-dbname => 'homo_sapiens_rnaseq_65_37');<br>
$ga = $rnaseqdb->get_GeneAdaptor();<br>
$rnaseqgene =
$ga->fetch_by_stable_id("ROUGHG00000203265-v5.1-74-747-3-NC-0--1");<br>
<br>
$db = new Bio::EnsEMBL::DBSQL::DBAdaptor(<br>
-host => 'ensembldb.ensembl.org',<br>
-port => 5306,<br>
-user => 'anonymous',<br>
-dbname => 'homo_sapiens_core_65_37');<br>
<br>
$sa = $db->get_SliceAdaptor();<br>
$rnaseqslice =
$rnaseqgene->slice->sub_Slice($rnaseqgene->start,
$rnaseqgene->end, $rnaseqgene->strand);<br>
$slice = $sa->fetch_by_name($rnaseqslice->name);<br>
@genes = @{$slice->get_all_Genes()};<br>
foreach my $gene (@genes) {<br>
#Skip the gene on the negative strand because the strand is relative
to the slice strand.<br>
next if ($gene->strand == -1);<br>
print STDOUT $gene->display_id, "\n";<br>
foreach $xref (@{$gene->get_all_DBEntries('HGNC')}) {<br>
print STDOUT $xref->description, ' ; ',
$xref->display_id, "\n";<br>
}<br>
}<br>
<br>
Regards<br>
Thibaut<br>
<br>
<blockquote
cite="mid:E46287FE394C3C48A4809C14644D5125012B935189@RNUMSEM706.nala.roche.com"
type="cite">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">then?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Best,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Ying<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF
1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">From:</span></b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">dev-bounces@ensembl.org</a> [<a class="moz-txt-link-freetext" href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">mailto:dev-bounces@ensembl.org</a>]
<b>On Behalf Of </b>Thibaut Hourlier<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, February 15, 2012 11:27 AM<br>
<b>To:</b> <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] FW: Download human
body map 2.0 transcript coordinates<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dear Ying,<br>
<br>
On 13/02/12 16:15, Li, Ying L wrote: <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Dear
Thibaut,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Thanks
a lot for your reply. </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">I
would like to try with your ‘easiest’ way by downloading the
ensembl human database. I need more details on how to do
the mapping between RNAseq and the core?</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">At that point I will recommend you to use
the API as I showed you in the previous email. Also it's
better to use the entire database (you will need it for the
API) and not only the gene/transcript/seq_region because you
can get more information quite easily.<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Here
is what I have: </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoListParagraph"
style="text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo2"><!--[if !supportLists]--><span
style="mso-list:Ignore">1)<span style="font:7.0pt
"Times New Roman""> </span></span><!--[endif]--><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">I
have home_sapiens_rnaseq_65_37 (<a moz-do-not-send="true"
href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-65/mysql/homo_sapiens_rnaseq_65_37/">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-65/mysql/homo_sapiens_rnaseq_65_37/</a>)
data from ENSEMBL (all the mysql files), and I had the
table created with all the data files, including gene,
transcript tables. In gene and transcript tables, we have
gene_id as one of their columns. </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoListParagraph" style="text-indent:-.25in"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">I
downloaded the home_sapiens-core_65_37 (<a
moz-do-not-send="true"
href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-65/mysql/homo_sapiens_core_65_37/">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-65/mysql/homo_sapiens_core_65_37/</a>
) <b>gene/transcript/seq_region</b> tables. I was hoping to
find the stable_id like
‘ROUGHG00000203265-v5.1-74-747-3-NC-0—1’ in </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">The core database and the rnaseq database
have different source of information and different methods
were used to generate the models. So even if sometime the
models from both databases are the same, the stable_id will
always be different. The only way to link them together is
with their coordinates. <o:p></o:p></p>
<p class="MsoListParagraph" style="text-indent:-.25in"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">the
core tables, but did not find any. I also tried to map
seq_region_id/seq_region_start/seq_region_end/ to the
core_gene seq_region_id/seq_region_start/seq_region_end
witout success.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">If you looked for a perfect match for the
start and end, it won't work. You will need to use 2 separates
queries. One to get the coordinates of the transcript in the
rnaseq database, the second one to get all the gene in the
core database between these coordinates and you might need to
widen the range.<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoListParagraph"
style="text-indent:-.25in;mso-list:l0 level1 lfo2"><!--[if !supportLists]--><span
style="mso-list:Ignore">2)<span style="font:7.0pt
"Times New Roman""> </span></span><!--[endif]--><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Here
are my questions:</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoListParagraph"
style="margin-left:1.0in;text-indent:-.25in"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">which
tables should I use to map the RNASEQ_gene to the core_gene?</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">homo_sapiens_rnaseq_65_37 >select
seq_region_id, seq_region_start, seq_region_end,
seq_region_strand from gene where stable_id =
"ROUGHG00000203265-v5.1-74-747-3-NC-0--1";<br>
+---------------+------------------+----------------+-------------------+<br>
| seq_region_id | seq_region_start | seq_region_end |
seq_region_strand |<br>
+---------------+------------------+----------------+-------------------+<br>
| 27518 | 3823417 | 3879600
| -1 |<br>
+---------------+------------------+----------------+-------------------+<br>
homo_sapiens_core_65_37 >select stable_id, seq_region_id,
seq_region_start, seq_region_end, seq_region_strand from gene
where seq_region_id = 27518 and seq_region_start > 3822417
and seq_region_end < 4480600 and seq_region_strand = -1;<br>
+-----------------+---------------+------------------+----------------+-------------------+<br>
| stable_id | seq_region_id | seq_region_start |
seq_region_end | seq_region_strand |<br>
+-----------------+---------------+------------------+----------------+-------------------+<br>
| ENSG00000107249 | 27518 | 3824127 |
4348392 | -1 |<br>
| ENSG00000230001 | 27518 | 4070906 |
4071884 | -1 |<br>
| ENSG00000221730 | 27518 | 4378423 |
4378494 | -1 |<br>
| ENSG00000200941 | 27518 | 4386410 |
4386556 | -1 |<br>
+-----------------+---------------+------------------+----------------+-------------------+<br>
<br>
As the boundaries will differ it will be a bit hard to find
the right one easily.<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoListParagraph"
style="margin-left:1.0in;text-indent:-.25in"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">What
is the best way to map core_gene “ENSG000….’ To hugo gene?</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">You will need the xref tables and the
external_db table<br>
homo_sapiens_core_65_37 >select x.display_label,
x.description from gene g left join object_xref ox on
g.gene_id = ox.ensembl_id left join xref x on x.xref_id =
ox.xref_id left join external_db e on e.external_db_id =
x.external_db_id where e.db_name = "HGNC" and g.stable_id =
"ENSG00000107249";<br>
+---------------+---------------------------+<br>
| display_label | description |<br>
+---------------+---------------------------+<br>
| GLIS3 | GLIS family zinc finger 3 |<br>
+---------------+---------------------------+<br>
<br>
Regards,<br>
Thibaut<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Many
thanks for your help.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Best,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Ying</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF
1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">From:</span></b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">
Thibaut Hourlier [<a moz-do-not-send="true"
href="mailto:th3@sanger.ac.uk">mailto:th3@sanger.ac.uk</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Monday, February 13, 2012 6:53 AM<br>
<b>To:</b> Li, Ying L {PXTP~Nutley}<br>
<b>Cc:</b> <a moz-do-not-send="true"
href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] FW: Download human
body map 2.0 transcript coordinates</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Dear Ying,<br>
The easiest would be to use the Ensembl Human database which
you can download from the ftp site: <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html">http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html</a>,
then the mapping will work because you will have the Ensembl
coordinates.<br>
<br>
If you are trying to map directly Ensembl data from the Human
body map to a UCSC database it won't work because the internal
id like seq_region_id are different.<br>
You will need to use the seq_region names which you can found
in the seq_region table (Ensembl schema). As we are also using
GRCh37, the seq_region names will be the same, but for the
chromosome, it will be "chr1" in UCSC and "1" in Ensembl for
the chromosome 1.<br>
<br>
In the perl code of my previous message, I was getting the
coordinates of a known gene in the human database. Then using
the coordinates of the genes, I was fetching all the
transcripts from the RNASeq database that are overlapping the
region. This is why I used a stable id like "ENSG00....".<br>
<br>
Regards,<br>
Thibaut<br>
<br>
On 10/02/12 18:36, Li, Ying L wrote: <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Dear
Thibaut,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Thanks
for your reply. I am not using the API at this moment. The
stable Id from the ‘gene’ table is more starting with ENSG,
but ‘ROUGHG00000203265-v5.1-74-747-3-NC-0—1’. So, I tried to
map the seq_region(_id/_start/_end/_strand) USCS ‘gene
coord’ of GRch37 without any success. Did I use the wrong
coord (USCS)?</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Thanks
a lot for your help,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Best,</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D">Ying</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#1F497D"> </span><o:p></o:p></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF
1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">From:</span></b><span
style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">
Thibaut Hourlier [<a moz-do-not-send="true"
href="mailto:th3@sanger.ac.uk">mailto:th3@sanger.ac.uk</a>]
<br>
<b>Sent:</b> Monday, January 30, 2012 9:44 AM<br>
<b>To:</b> Li, Ying L {PXTP~Nutley}<br>
<b>Cc:</b> <a moz-do-not-send="true"
href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] FW: Download human
body map 2.0 transcript coordinates</span><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"> <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Dear Ying,<br>
As I said on the link you are quoting, we recommend people to
use the perl API : <a moz-do-not-send="true"
href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/index.html">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/index.html</a><br>
<br>
The only way you can map the reads with a gene is with the
seq_region(_id/_start/_end/_strand) information.<br>
If you know the stable id (ENSG000....) of the gene you are
interested in, it's quite simple with the API:<o:p></o:p></p>
<pre>$db = new Bio::EnsEMBL::DBAdaptor(<o:p></o:p></pre>
<pre> -host => 'ensembldb.ensembl.org',<o:p></o:p></pre>
<pre> -port => 5306,<o:p></o:p></pre>
<pre> -user => 'anonymous',<o:p></o:p></pre>
<pre> -dbname => 'homo_sapiens_core_65_37');<o:p></o:p></pre>
<pre>$ga = $db->get_GeneAdaptor();<o:p></o:p></pre>
<pre>$gene = $ga->fetch_by_stable_id("ENSG000XXXX");<o:p></o:p></pre>
<pre>$slice = $gene->slice;<o:p></o:p></pre>
<pre>$rnaseqdb = new Bio::EnsEMBL::DBAdaptor(<o:p></o:p></pre>
<pre> -host => 'ensembldb.ensembl.org',<o:p></o:p></pre>
<pre> -port => 5306,<o:p></o:p></pre>
<pre> -user => 'anonymous',<o:p></o:p></pre>
<pre> -dbname => 'homo_sapiens_rnaseq_65_37');<o:p></o:p></pre>
<pre>$rnaseqsa = $rnaseqdb->get_SliceAdaptor();<o:p></o:p></pre>
<pre>$rnaseqslice = $rnaseqsa->fetch_by_name($slice->name);<o:p></o:p></pre>
<pre>@transcripts = @{$rnaseqslice->get_all_Transcripts('skeletal_rnaseq')};<o:p></o:p></pre>
<pre>foreach my $transcript (@transcripts) {<o:p></o:p></pre>
<pre> foreach my $sf (@{$transcript->get_all_supporting_features()}) {<o:p></o:p></pre>
<pre> #We print the number of reads that spanned accross the intron<o:p></o:p></pre>
<pre> print STDOUT $sf->hit_name, ' :', $sf->score, "\n";<o:p></o:p></pre>
<pre> }<o:p></o:p></pre>
<pre>}<o:p></o:p></pre>
<p class="MsoNormal">The number of reads that span the introns
is the score you can find in the dna_align_feature table of
the rnaseq database.<br>
<br>
Regards,<br>
Thibaut<br>
<br>
<br>
On 27/01/12 19:09, Li, Ying L wrote:<br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<pre>Dear Thibaut,<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>I am trying to get the ensemble human bodymap with gene or transcript. And I followed your instruction at the this blog site: <a moz-do-not-send="true" href="http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2011-August/001593.html">http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2011-August/001593.html</a><o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>I am able to setup an oracle schema to do the following query:<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>SELECT t.* , sr.name<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>FROM rnaseq37_analysis a, rnaseq37_transcript t<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>LEFT JOIN rnaseq37_seq_region sr<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>ON sr.seq_region_id = t.seq_region_id<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>WHERE t.analysis_id = a.analysis_id<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>AND a.logic_name = 'skeletal_rnaseq'<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>;<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>TRANSCRIPT_ID<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>GENE_ID<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>ANALYSIS_ID<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>SEQ_REGION_ID<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>SEQ_REGION_START<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>SEQ_REGION_END<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>SEQ_REGION_STRAND<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>DISPLAY_XREF_ID<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>BIOTYPE<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>STATUS<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>DESCRIPTION<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>IS_CURRENT<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>CANONICAL_TRANSLATION_ID<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>STABLE_ID<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>VERSION<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>CREATED_DATE<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>MODIFIED_DATE<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>NAME<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>840249<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>585754<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>27517<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>184298181<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>184300196<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>593641<o:p></o:p></pre>
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<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>3<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>840251<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>585756<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>27523<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>74332013<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>74659111<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>-1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>593643<o:p></o:p></pre>
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<pre>ROUGHT00000241811<o:p></o:p></pre>
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<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
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<pre>8<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>840252<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>585758<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>27523<o:p></o:p></pre>
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<pre>74702071<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>74742711<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>-1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>593644<o:p></o:p></pre>
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<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
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<pre> <o:p></o:p></pre>
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<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>840254<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>585759<o:p></o:p></pre>
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<pre>74857620<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>74885297<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>-1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
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<pre>840256<o:p></o:p></pre>
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<pre>585761<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
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<pre>27523<o:p></o:p></pre>
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<pre>74895618<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
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<pre>593648<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
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<pre>585762<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
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<pre>27523<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
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<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>74917165<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
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<pre>\N<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
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<pre>593649<o:p></o:p></pre>
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<pre> <o:p></o:p></pre>
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<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>8244<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>27523<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
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<pre>1<o:p></o:p></pre>
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<pre>\N<o:p></o:p></pre>
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<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
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<pre>\N<o:p></o:p></pre>
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<pre>593651<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>ROUGHT00000241819<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
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<pre>840261<o:p></o:p></pre>
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<pre>585766<o:p></o:p></pre>
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<pre>8244<o:p></o:p></pre>
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<pre>27523<o:p></o:p></pre>
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<pre>protein_coding<o:p></o:p></pre>
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<pre>PREDICTED<o:p></o:p></pre>
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<pre>\N<o:p></o:p></pre>
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<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>593653<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>ROUGHT00000241820<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>1<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>2011-01-12 10:33:07<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>8<o:p></o:p></pre>
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<pre>Now I need to map the gene_id or transcript_id to some kind of standard id (eg ensg00000*****) so that I can tell what gene is the gene_id regards to, do you know what is the best way to do so? if you can tell me how to map the gene_id? In additional, do you know if there is a ‘# of read” for the rnaseq data?<o:p></o:p></pre>
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<pre>Thanks a lot for your help,<o:p></o:p></pre>
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<pre>Best regards,<o:p></o:p></pre>
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<pre>Hi there,<o:p></o:p></pre>
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<pre>I am on your mailing list, so resubmitting this question -- see attached file.<o:p></o:p></pre>
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<pre>Thanks a lot for your help.<o:p></o:p></pre>
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<pre>Best,<o:p></o:p></pre>
<pre>Ying<o:p></o:p></pre>
<pre>-----Original Message-----<o:p></o:p></pre>
<pre>From: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">dev-bounces@ensembl.org</a> [<a moz-do-not-send="true" href="mailto:dev-bounces@ensembl.org">mailto:dev-bounces@ensembl.org</a>] On Behalf Of <a moz-do-not-send="true" href="mailto:dev-owner@ensembl.org">dev-owner@ensembl.org</a><o:p></o:p></pre>
<pre>Sent: Wednesday, January 25, 2012 4:52 PM<o:p></o:p></pre>
<pre>To: Li, Ying L {PXTP~Nutley}<o:p></o:p></pre>
<pre>Subject: Re: [ensembl-dev] Download human body map 2.0 transcript coordinates<o:p></o:p></pre>
<pre> <o:p></o:p></pre>
<pre>The Ensembl dev mailing list only accepts postings from people who are subscribed. You can subscribe or unsubscribe at <a moz-do-not-send="true" href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><o:p></o:p></pre>
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<p class="MsoNormal"><br>
-- The Wellcome Trust Sanger Institute is operated by Genome
Research Limited, a charity registered in England with number
1021457 and a company registered in England with number
2742969, whose registered office is 215 Euston Road, London,
NW1 2BE. <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><br>
-- The Wellcome Trust Sanger Institute is operated by Genome
Research Limited, a charity registered in England with number
1021457 and a company registered in England with number
2742969, whose registered office is 215 Euston Road, London,
NW1 2BE. <o:p></o:p></p>
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