Hi Venu,<div><br></div><div>I'm afraid Ensembl doesn't carry this data.</div><div><br></div><div>We don't use RefSeq transcripts as our primary transcript type (although they are available through our otherfeatures databases, and as mapped identifiers to our Ensembl transcript identifiers).</div>
<div><br></div><div>We don't catalog all possible nucleotide changes either, although I am not sure I see a reason for doing this?</div><div><br></div><div>Have you come across our Variant Effect Predictor software? You may find it useful depending on what you want to do; it will map genomic variant changes to transcript/protein changes and provides much more besides, including SIFT and PolyPhen predictions. You can find full documentation here:</div>
<div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html">http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html</a></div><div><br></div><div>There is also a limited web interface if you just want to try it out:</div>
<div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/tools.html">http://www.ensembl.org/tools.html</a><br><br>Hope this helps</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation<br><br><div class="gmail_quote">
On 23 February 2012 01:32, Venugopal Valmeekam <span dir="ltr"><<a href="mailto:vvalmeekam@yahoo.com">vvalmeekam@yahoo.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td valign="top" style="font:inherit">Hi,<div>I am developing a human exome mutation database using the refseq transcript collection. This database maps the transcripts to the genome and for each of these genomic positions catalogs all the possible amino acid changes resulting from all possible nucleotides substitutions.  I was wondering if ensembl has this data.  I do not want to download this data for just few genomic positions but would like to get the complete dataset for the entire human exome.</div>
<div>Thanks for your help.</div><div>Venu</div></td></tr></tbody></table><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>