
<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Dear All<div><br></div><div>I have recently used the variation_effect_predictor script with parameters enabled to report both the score and the prediction term from SIFT, PolyPhen and Condel analysis.</div><div><br></div><div>I wanted to know if the vep script will report scores of all these programs only if the variation is known or it will also report scores for novel variations that I detect in my dataset. i.e. Does it calculate the scores for novel variations on the fly?</div><div><br></div><div>Ultimately, my aim is to use the scores given by VEP script to sort through variations without having to do any additional computation (Condel, PolyPhen, or SIFT analysis on novel variants) on the variations that were not accounted for by the VEP script.</div><div><br></div><div>I hope this makes sense and thank you all in advance for responding.</div><div><br></div><div>Kind regards</div><div><br></div><div>PS: I am using ensembl v66, latest VEP version, and local install of the mysql variation database. I have also downloaded cache from the website and I am running the following command:</div><div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="color: rgb(209, 44, 38); font-size: 15px; ">variant_effect_predictor.pl --output_file out.vcf --species homo_sapiens --host localhost --user user --password password --port XXXX --db_version 66 --format vcf --buffer 1000000000 --force_overwrite --input_file in.vcf --terms ensembl --sift b --polyphen b --condel b --regulatory --gene --protein --hgnc --ccds --numbers --domains --per_gene --check_ref --check_alleles --cache --no_progress --vcf</span></div><div><br></div><div>cheers </div><div><br><div apple-content-edited="true">

<div><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'"><b>Hardip R. Patel, PhD</b></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'"><i>Post-doctoral Research Fellow</i></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'"><br></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">Genome Discovery Unit and RNA Biology Lab</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">Genome Biology Department</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">The John Curtin School of Medical Research</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">College of Medicine, Biology and Environment</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">The Australian National University</font></div></div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">Building 131, Garran Road, ANU Campus, Acton - 0200, ACT, Australia</font></div></div></span><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-variant: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">Email: <a href="mailto:hardip.patel@anu.edu.au">hardip.patel@anu.edu.au</a>, <a href="mailto:patelhardip@gmail.com">patelhardip@gmail.com</a></font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'Helvetica Neue'">Phone Number: (+61) 0449 180 715</font></div><div style="font-family: Courier; font-size: medium; font-weight: normal; font-style: normal; "><br></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline"></div><br class="Apple-interchange-newline">

</div>

<br></div></body></html>