Hi, <div><br></div><div>I'm using ensembl pipeline for projection genebuild.</div><div><br></div><div>when I read the doc low_coverage_gene_build.txt, I was confused by the target/query genome terms.</div><div><br></div>
<div>It calls our newly sequenced genome the target, calls the reference genome the query.</div><div><br></div><div>It is contrary to lastz terms where target means reference and query means our sequences.</div><div><br></div>
<div>It just OK if I stick to this convention.</div><div><br></div><div>However,</div><div><br></div><div>In the whole genome alignment section in the same doc,</div><div><br></div><div>It says that :</div><div><br></div>
<div>    "each bp in the target genome should be represented at most once."</div><div><br></div><div>What does it mean by saying "target"?</div><div><br></div><div>lastz-chain-net produces the lastz termed "target genome" with this property.</div>
<div><br></div><div>Does it mean that I should set my genome as the reference genome, while the genome from ensembl such as "human" as the non-reference in the compara/hive pipeline?</div><div><br></div><div>I can project human genes to my genome with this somewhat weird setting, in the next wga2genes step?</div>
<div><br></div><div>Some slice of human genome containing genes may exist several times in the compara_db, how can it produce gene projection right here?</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div>
<div>Best Reguards</div><div><br></div><div>-- <br>Zhang Di<br>
</div>