Thank you, Dan.<div><br></div><div>You mentioned that you no longer build on low coverage genomes in Ensembl, what do you guys do with the short reads (such as Illumina GA II/Hiseq) assembled genomes? So far as I know the Atlantic Cod genome which was published last summer in Nature was built based on the projection genebuild.<br>
<br>Best Reguards<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 18, 2012 at 4:43 PM, Dan Barrell <span dir="ltr"><<a href="mailto:db8@sanger.ac.uk">db8@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Hi,<br>
    <br>
    The document low_coverage_gene_build.txt is quite old and possibly
    very out of date as we no longer build on low coverage genomes in
    Ensembl. As far as I know, the reason that the semantics of the
    reference and target terms got swapped is to do with the importance
    of directionality in a Net. When dealing with the low coverage
    genomes the idea was that they wanted the species they were
    projecting onto as the reference because it is important that each
    bp in the target species aligns to at most one location in the
    reference species. <br>
    <br>
    I would suggest you also look at the Ensembl Compara documentation
    which is maintained here:<br>
    <br>
    ensembl-compara/docs/README-low-coverage-genome-aligner<br>
    <br>
    Dan<div><div class="h5"><br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    <br>
    On 17/04/12 12:47, Zhang Di wrote:
    </div></div><blockquote type="cite"><div><div class="h5">Hi, 
      <div><br>
      </div>
      <div>I'm using ensembl pipeline for projection genebuild.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>when I read the doc low_coverage_gene_build.txt, I was
        confused by the target/query genome terms.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>It calls our newly sequenced genome the target, calls the
        reference genome the query.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>It is contrary to lastz terms where target means reference
        and query means our sequences.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>It just OK if I stick to this convention.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>However,</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>In the whole genome alignment section in the same doc,</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>It says that :</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>    "each bp in the target genome should be represented at
        most once."</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>What does it mean by saying "target"?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>lastz-chain-net produces the lastz termed "target genome"
        with this property.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Does it mean that I should set my genome as the reference
        genome, while the genome from ensembl such as "human" as the
        non-reference in the compara/hive pipeline?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I can project human genes to my genome with this somewhat
        weird setting, in the next wga2genes step?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Some slice of human genome containing genes may exist several
        times in the compara_db, how can it produce gene projection
        right here?</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Best Reguards</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>-- <br>
        Zhang Di<br>
      </div>
      <br>
      <fieldset></fieldset>
      <br>
      </div></div><pre>_______________________________________________
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Zhang Di<br>
</div>