<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>VEP 2.4 fails with this error:</div><div><div>Can't locate object method "stable_id" via package "Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature" at /share/apps/myourshaw/ensembl/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 1123, <GEN1> line 5028.</div></div><div><br></div><div>There is no $feature->stable_id</div><div><br></div><div>$feature_type = MotifFeature (this variant also throws Gene, Transcript, and RegulatoryFeature feature_types that have stable ids).</div><div>$feature is a Bio::EnsEMBL::Funcgen::MotifFeature</div><div>$feature contains (inter alia):</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">   </span>dbID = 618345 </div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">       </span>display_label = PU1:MA0080.1</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">      </span>end = 39460062</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">       </span>interdb_stable_id = undef</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "> </span>score = 1</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "> </span>slice (looks like all of chr 22?)</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; "> </span>start = 39460057</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space: pre; ">     </span>strand = 1<br><div apple-content-edited="true"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-family: Helvetica; font-size: 12px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="'Devanagari MT'" size="7"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 27px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "></span></font></span></font></p></span></div></div></div><div>This looks like it might be a data error. It is the only such error on chr 22 of the 1000 genomes data, but there may be more in the other chromosomes.</div><div><br></div>My temporary fix in VEP.pm:<div><div><div><div>        my $base_line = {</div><div>            Feature_type     => $feature_type,</div><div>            Feature          => $feature->can('stable_id') ? $feature->stable_id : undef,</div><div>            #cDNA_position    => format_coords($svo->cdna_start, $svo->cdna_end),</div><div>            #CDS_position     => format_coords($svo->cds_start, $svo->cds_end),</div><div>            #Protein_position => format_coords($svo->translation_start, $svo->translation_end),</div><div>        };</div></div></div><div><br></div><div><br></div><div>The input VCF line (exerpted from 1000 Genomes) start with:</div><div>22<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>39432459<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>MERGED_DEL_2_106019<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>TGGAAGC …</div><div><br></div><div>See attached file for the whole line</div><div><br></div><div></div></div></body></html>