Greetings folks,
<div><br></div><div>I would appreciate some help after trying unsuccessfully to add local BAM and VCF files despite indexing them according to the instructions. I've attempted both the Attach Remote File method, and trying to edit DEFAULTS.ini and Homo_sapiens.ini in the various directories.</div>
<div><br></div><div>So far, google has turned up these postings </div><div><a href="http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2011-March/001059.html">http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/2011-March/001059.html</a></div><div>
<a href="http://comments.gmane.org/gmane.science.biology.ensembl.devel/8274">http://comments.gmane.org/gmane.science.biology.ensembl.devel/8274</a></div><div><br></div><div>But I've attempted both (with their slightly different forms "source_name" vs "name") but haven't been able to get both my BAMs and VCFs to show.</div>
<div><br></div><div>Initial attempts to include an external track via URL were foiled by the regular expression parser (which didn't allow tildes which were part of my home directory public_html) -- which should be filed as a separate bug report, but after correcting that,</div>
<div><br></div><div><div><font face="'courier new', monospace" size="1"><a href="http://gdudev.anu.edu.au/data/A.bam">http://gdudev.anu.edu.au/data/A.bam</a> open: Bad file descriptor at /usr/local/ensembl/modules/EnsEMBL/Web/Object/UserData.pm line 123.</font></div>
<div><font face="'courier new', monospace" size="1">Failed to open BAM <a href="http://gdudev.anu.edu.au/data/A.bam">http://gdudev.anu.edu.au/data/A.bam</a> at /usr/local/ensembl/modules/EnsEMBL/Web/Object/UserData.pm line 133.</font></div>
<div><font face="'courier new', monospace" size="1">Failed to open BAM index for <a href="http://gdudev.anu.edu.au">http://gdudev.anu.edu.au</a></font><span style="font-family:'courier new',monospace;font-size:x-small">/data/A</span><font face="'courier new', monospace" size="1">.bam at /usr/local/ensembl/modules/EnsEMBL/Web/Object/UserData.pm line 134.</font></div>
<div><font face="'courier new', monospace" size="1"><br></font></div><div>I've tried to circumvent the hostname lookup since it was local via</div><div><div><font face="'courier new', monospace" size="1"><a href="http://127.0.0.1/data/A.bam">http://127.0.0.1/data/A.bam</a> open: Bad file descriptor at /usr/local/ensembl/modules/EnsEMBL/Web/Object/UserData.pm line 123.</font></div>
<div><font face="'courier new', monospace" size="1">Failed to open BAM http://</font><span style="font-family:'courier new',monospace;font-size:x-small">127.0.0.1</span><font face="'courier new', monospace" size="1">/data/A.bam at /usr/local/ensembl/modules/EnsEMBL/Web/Object/UserData.pm line 133.</font></div>
<div><font face="'courier new', monospace" size="1">Failed to open BAM index for http://</font><span style="font-family:'courier new',monospace;font-size:x-small">127.0.0.1</span><span style="font-family:'courier new',monospace;font-size:x-small">/data/A</span><font face="'courier new', monospace" size="1">.bam at /usr/local/ensembl/modules/EnsEMBL/Web/Object/UserData.pm line 134.</font></div>
</div></div><div><font face="'courier new', monospace" size="1"><br></font></div><div><font face="'courier new', monospace" size="1"><br></font></div><div>Thanks for your time, as I'd really appreciate help on getting these up.</div>
<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Aaron Chuah</div><div>Genome Discovery Unit</div><div>John Curtin School of Medical Research</div><div>Australian National University</div>