Hi 
<span style>Beth</span> <div><br></div><div>You're right, the files on ftp server are correct, I lost file translation_attrib.txt.gz by myself, downloading it right now.</div><div><br></div><div>It's my fault, sorry</div>
<div><br></div><div>Best Regards.</div><div><br><br><div class="gmail_quote">2012/5/2  <span dir="ltr"><<a href="mailto:dev-request@ensembl.org" target="_blank">dev-request@ensembl.org</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Send Dev mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:dev-request@ensembl.org">dev-request@ensembl.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:dev-owner@ensembl.org">dev-owner@ensembl.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Dev digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Error - $parms->add_config() has failed: Invalid command<br>
      'CustomLog' (Asela Dassanayake)<br>
   2. Re: two LastZ.pms (Kathryn Beal)<br>
   3. Re: caenorhabditis_elegans_core_66_220 import error (Karyn Megy)<br>
   4. Re: caenorhabditis_elegans_core_66_220 import error (Beth Yates)<br>
   5. Question regarding the varian_effect_predictor VCF support<br>
      for multiple samples (Duarte Molha)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Wed, 2 May 2012 17:56:44 +1200<br>
From: Asela Dassanayake <<a href="mailto:aseladassanayake@gmail.com">aseladassanayake@gmail.com</a>><br>
Subject: Re: [ensembl-dev] Error - $parms->add_config() has failed:<br>
        Invalid command 'CustomLog'<br>
To: Ensembl developers list <<a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAA%2B8yz__%2BbDzMvhV5byU4gkUMV1ZmOVeNCB%2BUuEZ6nWLUGS2jQ@mail.gmail.com">CAA+8yz__+bDzMvhV5byU4gkUMV1ZmOVeNCB+UuEZ6nWLUGS2jQ@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Hi Dan,<br>
<br>
Thank you for your reply. As you suspected it was a Apache Module error. I<br>
fixed it by loading various modules and then I was able to kick start the<br>
ensembl server. I will post the list of apache modules required for the<br>
benefit of others.<br>
<br>
Thanks<br>
Asela<br>
<br>
On Tue, May 1, 2012 at 9:08 PM, Dan Sheppard <<a href="mailto:ds23@sanger.ac.uk">ds23@sanger.ac.uk</a>> wrote:<br>
<br>
> Hi Asela,<br>
><br>
> I've not seen this in EnsEMBL before but this kind of apache error is most<br>
> often caused by running the wrong version or one compiled with incorrect<br>
> modules.<br>
><br>
> Could you send the output of these two commands?<br>
><br>
> httpd -V<br>
> httpd -l<br>
><br>
> In your case, it looks like mod_log_config may be missing, but that<br>
> doesn't mean it's right just to add it in as there must be a deeper reason<br>
> why it's not there for you which will probably come back to bite you.<br>
><br>
> Alternatively, if you check you followed the instructions here,<br>
><br>
> <a href="http://www.ensembl.org/info/**docs/webcode/install/non-**ensembl-code.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/**docs/webcode/install/non-**ensembl-code.html</a><<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/webcode/install/non-ensembl-code.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/webcode/install/non-ensembl-code.html</a>><br>

><br>
> that usually fixes this kind of error.<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Dan.<br>
><br>
><br>
>  Syntax error on line 55 of /media/Data/cvs.bin/conf/**httpd.conf:<br>
>><br>
>> $parms->add_config() has failed: Invalid command 'CustomLog', perhaps<br>
>><br>
>> misspelled or defined by a module not included in the server configuration<br>
>><br>
><br>
> ______________________________**_________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/**" target="_blank">http://lists.ensembl.org/**</a><br>
> mailman/listinfo/dev <<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a>><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/attachments/20120502/9d6360a5/attachment-0001.htm" target="_blank">http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/attachments/20120502/9d6360a5/attachment-0001.htm</a>><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Wed, 2 May 2012 09:48:55 +0100<br>
From: Kathryn Beal <<a href="mailto:kbeal@ebi.ac.uk">kbeal@ebi.ac.uk</a>><br>
Subject: Re: [ensembl-dev] two LastZ.pms<br>
To: Ensembl developers list <<a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>><br>
Message-ID: <<a href="mailto:E4320748-266F-4B64-B0D8-64982E2A669A@ebi.ac.uk">E4320748-266F-4B64-B0D8-64982E2A669A@ebi.ac.uk</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=us-ascii<br>
<br>
Hi Sharon,<br>
We have replaced all the compara pipelines to use the new <a href="http://init_pipeline.pl" target="_blank">init_pipeline.pl</a> system. In the process, there were major modifications to many of the associated modules. All the modules associated with the new pipelines can be found in Bio::EnsEMBL::Compara::RunnableDB. I have just removed all the modules  in Bio::EnsEMBL::Compara::Production::GenomicAlignBlock as these have either replacements or are no longer supported. This has affected HEAD but was done after the up-coming ensembl 67 branch.<br>

<br>
Thank you for pointing out the problem with the lastz.conf file. I have corrected it so that both modules refer to 'Bio::EnsEMBL::Compara::RunnableDB::PairAligner::LastZ'.<br>
<br>
  { TYPE => PAIR_ALIGNER,<br>
    'method_link' => [1001, 'LASTZ_RAW'],<br>
    'analysis_template' => {<br>
        '-program'       => 'lastz',<br>
        '-parameters'    => "{method_link=>'LASTZ_RAW',options=>'T=1 L=3000 H=2200 O=400 E=30'}",<br>
        '-module'        => 'Bio::EnsEMBL::Compara::RunnableDB::PairAligner::LastZ',<br>
    },<br>
    'non_reference_collection_name'   => 'mouse all',<br>
    'reference_collection_name'  => 'human all',<br>
  },<br>
<br>
  { TYPE => PAIR_ALIGNER,<br>
    'method_link' => [1001, 'LASTZ_RAW'],<br>
    'analysis_template' => {<br>
        '-program'       => 'lastz',<br>
        '-parameters'    => "{method_link=>'LASTZ_RAW',options=>'T=1 L=3000 H=2200 O=400 E=30'}",<br>
        '-module'        => 'Bio::EnsEMBL::Compara::RunnableDB::PairAligner::LastZ',<br>
    },<br>
    'non_reference_collection_name'   => 'rat all',<br>
    'reference_collection_name'  => 'human all',<br>
  },<br>
<br>
Cheers<br>
Kathryn<br>
<br>
<br>
> Hi Ensembl Compara Developers,<br>
><br>
> I  just find there are two LastZ.pm in the ensembl-compara package (v66). They were both used in the example configuration files<br>
> ensembl-compara/modules/Bio/EnsEMBL/Compara/PipeConfig/Example/lastz.conf<br>
><br>
> { TYPE => PAIR_ALIGNER,<br>
>    'method_link' => [1001, 'LASTZ_RAW'],<br>
>    'analysis_template' => {<br>
>        '-program'       => 'lastz',<br>
>        '-parameters'    => "{method_link=>'LASTZ_RAW',options=>'T=1 L=3000 H=2200 O=400 E=30'}",<br>
>        '-module'        => 'Bio::EnsEMBL::Compara::Production::GenomicAlignBlock::LastZ',<br>
>    },<br>
>    'non_reference_collection_name'   => 'mouse all',<br>
>    'reference_collection_name'  => 'human all',<br>
>  },<br>
><br>
>  { TYPE => PAIR_ALIGNER,<br>
>    'method_link' => [1001, 'LASTZ_RAW'],<br>
>    'analysis_template' => {<br>
>        '-program'       => 'lastz',<br>
>        '-parameters'    => "{method_link=>'LASTZ_RAW',options=>'T=1 L=3000 H=2200 O=400 E=30'}",<br>
>        '-module'        => 'Bio::EnsEMBL::Compara::RunnableDB::PairAligner::LastZ',<br>
>    },<br>
>    'non_reference_collection_name'   => 'rat all',<br>
>    'reference_collection_name'  => 'human all',<br>
>  },<br>
><br>
><br>
> I am wondering what are the differences between these two LastZ.pm modules, if they were created for difference uses, when to use which.<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
><br>
> Sharon<br>
><br>
> On Apr 25, 2012, at 4:24 AM, Javier Herrero wrote:<br>
><br>
> Dear Alison<br>
><br>
> The branch lengths are based on a mixture of an estimation based on 4D sites and an estimation based on million years since the divergence of two species (the data are taken from <a href="http://www.timetree.org" target="_blank">www.timetree.org</a><<a href="http://www.timetree.org/" target="_blank">http://www.timetree.org/</a>>).<br>

><br>
> At UCSC and Ensembl, we have agreed to use the same species tree for the alignments. However, we do not work exactly with the same set of species. You can find more information here: <a href="http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Human/hg19/GRCh37_46-way_multiple_alignment#4D_sites_branch_length_calculations" target="_blank">http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Human/hg19/GRCh37_46-way_multiple_alignment#4D_sites_branch_length_calculations</a><br>

><br>
> Additional species are included in the middle of an existing branch. An initial estimation of the branch lengths is based on the million years since the divergence of two species, the data being taken from <a href="http://www.timetree.org" target="_blank">www.timetree.org</a><<a href="http://www.timetree.org/" target="_blank">http://www.timetree.org/</a>>.<br>

><br>
> I hope this helps<br>
><br>
> Javier<br>
><br>
> On 24/04/12 17:23, Alison Wright wrote:<br>
><br>
> Hi,<br>
><br>
> I have accessed the Ensembl Species Tree generated for use in Phylowidget by the Compara team (which includes all the current species for the main Ensembl website, plus a few additional mammalian species of interest).<br>

><br>
> However, I cant find out what the branch lengths represent (number of substitutions per site? PAM units?) and how they were calculated?<br>
><br>
> Thanks very much for any help.<br>
><br>
> Alison Wright<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><mailto:<a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>><br>
> List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> Javier Herrero, PhD<br>
> Ensembl Coordinator and Ensembl Compara Project Leader<br>
> European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)<br>
> Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton<br>
> Cambridge - CB10 1SD - UK<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><mailto:<a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a>><br>
> List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Wed, 2 May 2012 10:00:29 +0100<br>
From: Karyn Megy <<a href="mailto:kmegy@ebi.ac.uk">kmegy@ebi.ac.uk</a>><br>
Subject: Re: [ensembl-dev] caenorhabditis_elegans_core_66_220 import<br>
        error<br>
To: Ensembl developers list <<a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>><br>
Message-ID: <<a href="mailto:83245ECC-7DC7-4881-BCAC-B2CCC1BFF8EC@ebi.ac.uk">83245ECC-7DC7-4881-BCAC-B2CCC1BFF8EC@ebi.ac.uk</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=GB2312<br>
<br>
Dear  Gang Chen,<br>
<br>
Where did you get that file from?<br>
<br>
If you download it from the EnsemblGenomes FTP site, you have everything required:<br>
<a href="ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/metazoa/release-13/mysql/caenorhabditis_elegans_core_13_66_220/" target="_blank">ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/metazoa/release-13/mysql/caenorhabditis_elegans_core_13_66_220/</a><br>

<br>
Best regards,<br>
Karyn.<br>
<br>
<br>
<br>
On 2 May 2012, at 04:24, ?? wrote:<br>
<br>
> Hi All<br>
><br>
> I found caenorhabditis_elegans_core_66_220 has import error, about table translation_attrib doesn't exist.<br>
><br>
> Could you re-export the database?<br>
><br>
> Thank you<br>
><br>
> --<br>
> Gang Chen<br>
> TILSI<br>
> Taicang Institute For Life Science Information<br>
> Address: A2/162, Renmin South Road, Taicang, 215400, Jiangsu Province, P.R.China<br>
> Phone:?+86?512-82782588<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Wed, 02 May 2012 10:09:47 +0100<br>
From: Beth Yates <<a href="mailto:bp1@sanger.ac.uk">bp1@sanger.ac.uk</a>><br>
Subject: Re: [ensembl-dev] caenorhabditis_elegans_core_66_220 import<br>
        error<br>
To: Ensembl developers list <<a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>><br>
Message-ID: <<a href="mailto:4FA0F9DB.5000703@sanger.ac.uk">4FA0F9DB.5000703@sanger.ac.uk</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=GB2312<br>
<br>
Hi Gang Chen,<br>
<br>
I'm also not sure why you are experiencing a problem as this file is<br>
also present on the main ensembl FTP site:<br>
<a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-66/mysql/caenorhabditis_elegans_core_66_220/translation_attrib.txt.gz" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-66/mysql/caenorhabditis_elegans_core_66_220/translation_attrib.txt.gz</a><br>

and the table sql is defined correctly in the sql definition file<br>
<a href="ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-66/mysql/caenorhabditis_elegans_core_66_220/caenorhabditis_elegans_core_66_220.sql.gz" target="_blank">ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-66/mysql/caenorhabditis_elegans_core_66_220/caenorhabditis_elegans_core_66_220.sql.gz</a><br>

<br>
Can you give us any more information to help us diagnose this problem?<br>
<br>
Best regards,<br>
Beth<br>
<br>
On 02/05/12 10:00, Karyn Megy wrote:<br>
> Dear  Gang Chen,<br>
><br>
> Where did you get that file from?<br>
><br>
> If you download it from the EnsemblGenomes FTP site, you have everything required:<br>
> <a href="ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/metazoa/release-13/mysql/caenorhabditis_elegans_core_13_66_220/" target="_blank">ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/metazoa/release-13/mysql/caenorhabditis_elegans_core_13_66_220/</a><br>

><br>
> Best regards,<br>
> Karyn.<br>
><br>
><br>
><br>
> On 2 May 2012, at 04:24, ?? wrote:<br>
><br>
>> Hi All<br>
>><br>
>> I found caenorhabditis_elegans_core_66_220 has import error, about table translation_attrib doesn't exist.<br>
>><br>
>> Could you re-export the database?<br>
>><br>
>> Thank you<br>
>><br>
>> --<br>
>> Gang Chen<br>
>> TILSI<br>
>> Taicang Institute For Life Science Information<br>
>> Address: A2/162, Renmin South Road, Taicang, 215400, Jiangsu Province, P.R.China<br>
>> Phone:?+86?512-82782588<br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>> List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Wed, 2 May 2012 10:18:38 +0000<br>
From: Duarte Molha <<a href="mailto:Duarte.Molha@ogt.co.uk">Duarte.Molha@ogt.co.uk</a>><br>
Subject: [ensembl-dev] Question regarding the varian_effect_predictor<br>
        VCF support for multiple samples<br>
To: "<a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>" <<a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:9716146486D5534884847D0B9938BA9C0C85FDEF@ExchangeServer.internal.ogtip.com">9716146486D5534884847D0B9938BA9C0C85FDEF@ExchangeServer.internal.ogtip.com</a>><br>
<br>
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>
<br>
Dear Developers<br>
<br>
I have been playing around with the latest version of the VEP and I would like to congratulate you for the many nice features you have been able to include.<br>
I particularly like the new plug-in feature support. This will allow me to develop new features into my analysis pipeline without having to hack your code to much :).<br>
<br>
There is however a very important features I would love to be included in your VEP - VCF with multiple sample support.<br>
<br>
I had to change a lot of your code in a previous version of VEP in order to get some sort of support for this and it becomes very complicated to be able to merge what I have done with  your earlier version of VEP into the new versions because the code is evolving very fast.<br>

<br>
I noticed that you say that you now support all fields on a VCF. Does this mean that your script is reading in the sample fields but disregards them for the analysis?<br>
It would be great if the VEP could do the analysis of each variant and for each allelic substitution it could include the sample information for wish it is relevant.<br>
<br>
Here is an example of what your code outputs and what would I think would be very usefull to have it do:<br>
<br>
Input VCF entry:<br>
#CHROM             POS        ID            REF         ALT         QUAL    FILTER   INFO      FORMAT              sample_01          sample_02                sample_03<br>
1              50311454             .               G             A             5322.41 PASS                AC=3;AF=0.500;AN=6;BaseQRankSum=5.991;DP=271;Dels=0.00;FS=3.551;HRun=0;HaplotypeScore=2.6095;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.759;QD=28.46;ReadPosRankSum=-0.332;SB=-2325.79;SF=0,1,2         GT:AD:DP:GQ:PL              1/1:0,40:40:99:1456,114,0             0/0:37,0:37:99:0,102,1245                0/1:23,26:49:99:839,0,617<br>

<br>
Current OUTPUT:<br>
<br>
#Uploaded_variatio<br>
<br>
Location<br>
<br>
Allele<br>
<br>
Gene<br>
<br>
Feature<br>
<br>
Feature_type<br>
<br>
Consequence<br>
<br>
cDNA_position<br>
<br>
CDS_position<br>
<br>
Protein_position<br>
<br>
Amino_acids<br>
<br>
Codons<br>
<br>
Existing_variation<br>
<br>
Extra<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000371839<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000360905;HGVSc=ENST00000371839.1:c.157+5614C>T;INTRON=2/13<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
ENSG00000215887<br>
<br>
ENST00000502859<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
WITHIN_NON_CODING_GENE<br>
<br>
1348<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
HGVSc=ENST00000502859.1:1348G>A;EXON=3/3<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000411952<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000411423;HGVSc=ENST00000411952.2:c.139+5614C>T;INTRON=2/14<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000497451<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
WITHIN_NON_CODING_GENE,INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
HGVSc=ENST00000497451.1:123+5614C>T;INTRON=1/2<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000371838<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000360904;HGVSc=ENST00000371838.1:c.157+5614C>T;INTRON=2/8<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000371836<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000360902;HGVSc=ENST00000371836.1:c.157+5614C>T;INTRON=2/6<br>
<br>
<br>
<br>
Same output but containing sample information for non-reference samples:<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_01<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
1/1:0,40:40:99:1456,114,0<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000371839<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000360905;HGVSc=ENST00000371839.1:c.157+5614C>T;INTRON=2/13<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_01<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
1/1:0,40:40:99:1456,114,0<br>
<br>
ENSG00000215887<br>
<br>
ENST00000502859<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
WITHIN_NON_CODING_GENE<br>
<br>
1348<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
HGVSc=ENST00000502859.1:1348G>A;EXON=3/3<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_01<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
1/1:0,40:40:99:1456,114,0<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000411952<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000411423;HGVSc=ENST00000411952.2:c.139+5614C>T;INTRON=2/14<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_01<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
1/1:0,40:40:99:1456,114,0<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000497451<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
WITHIN_NON_CODING_GENE,INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
HGVSc=ENST00000497451.1:123+5614C>T;INTRON=1/2<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_01<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
1/1:0,40:40:99:1456,114,0<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000371838<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000360904;HGVSc=ENST00000371838.1:c.157+5614C>T;INTRON=2/8<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_01<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
1/1:0,40:40:99:1456,114,0<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000371836<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000360902;HGVSc=ENST00000371836.1:c.157+5614C>T;INTRON=2/6<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_03<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
0/1:23,26:49:99:839,0,617<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000371839<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000360905;HGVSc=ENST00000371839.1:c.157+5614C>T;INTRON=2/13<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_03<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
0/1:23,26:49:99:839,0,617<br>
<br>
ENSG00000215887<br>
<br>
ENST00000502859<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
WITHIN_NON_CODING_GENE<br>
<br>
1348<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
HGVSc=ENST00000502859.1:1348G>A;EXON=3/3<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_03<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
0/1:23,26:49:99:839,0,617<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000411952<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000411423;HGVSc=ENST00000411952.2:c.139+5614C>T;INTRON=2/14<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_03<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
0/1:23,26:49:99:839,0,617<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000497451<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
WITHIN_NON_CODING_GENE,INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
HGVSc=ENST00000497451.1:123+5614C>T;INTRON=1/2<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_03<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
0/1:23,26:49:99:839,0,617<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000371838<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000360904;HGVSc=ENST00000371838.1:c.157+5614C>T;INTRON=2/8<br>
<br>
1_50311454_G/A<br>
<br>
1:50311454<br>
<br>
A<br>
<br>
Sample_03<br>
<br>
GT:AD:DP:GQ:PL<br>
<br>
0/1:23,26:49:99:839,0,617<br>
<br>
ENSG00000186094<br>
<br>
ENST00000371836<br>
<br>
Transcript<br>
<br>
INTRONIC<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
-<br>
<br>
rs4926833<br>
<br>
ENSP=ENSP00000360902;HGVSc=ENST00000371836.1:c.157+5614C>T;INTRON=2/6<br>
<br>
<br>
<br>
I would do this myself if there was a way for the  plug-in feature to give be the sample information for each variant.<br>
Any ideas how this can be accomplished?<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Duarte Molha<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/attachments/20120502/1a395486/attachment.htm" target="_blank">http://lists.ensembl.org/pipermail/dev/attachments/20120502/1a395486/attachment.htm</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list<br>
<a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
<br>
<br>
End of Dev Digest, Vol 23, Issue 4<br>
**********************************<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><font face="verdana, sans-serif" size="1">Gang Chen</font></div><div><font face="verdana, sans-serif" size="1">TILSI</font></div><div><font face="verdana, sans-serif" size="1"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Taicang Institute For Life Science Information</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255)">Address: A2/162, Renmin South Road, Taicang, 215400, Jiangsu Province, P.R.China</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Phone:£¨+86£©512-82782588</span></font></div>
<br>
</div>