Hello Sunita,<div><br></div><div>It looks like you are using a Windows machine; the VEP is not well tested on Windows and I'm not sure if the installer script will work.</div><div><br></div><div>You may still be able to get the VEP running by installing the Ensembl API manually; see here for details:</div>
<div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html">http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html</a></div><div><br></div><div>You will need the ensembl, ensembl-variation and ensembl-functgenomics modules installed.</div>
<div><br></div><div>Hope this helps!</div><div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Will<br><br><div class="gmail_quote">On 31 May 2012 17:17, Koul, Sunita <span dir="ltr"><<a href="mailto:sunita@pathology.wustl.edu" target="_blank">sunita@pathology.wustl.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal">Hi,</p>
<p class="MsoNormal">I am trying to install the perl API for Variant Effect Predictor.</p>
<p class="MsoNormal">When I run the INSTALL.pl (as per instructions in  <a href="http://useast.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html#run_install" target="_blank">
http://useast.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html#run_install</a>)</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">I am getting the following error </p>
<p class="MsoNormal">Testing VEP script</p>
<p class="MsoNormal">ERROR: Testing VEP script failed with the following error</p>
<p class="MsoNormal">Can't locate Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/Sequence.pm in @INC (@INC contains: E:/</p>
<p class="MsoNormal">Perl/variant_effect_predictor C:/Perl/site/lib C:/Perl/lib .) at variant_effect_</p>
<p class="MsoNormal"><a href="http://predictor.pl" target="_blank">predictor.pl</a> line 40.</p>
<p class="MsoNormal">BEGIN failed--compilation aborted at <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> line 40.</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">Any idea why I am getting this error</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal"> </p>
<p class="MsoNormal">Sunita</p>
<p class="MsoNormal"> </p>
</div>
<br>
<br>
<table style="font-size:11px;font-family:arial,sans-serif;font-weight:bold;font-style:italic">
<tbody>
<tr>
<td style="border-top:1px solid #000000;padding-top:7px">The materials in this email are private and may contain Protected Health Information. If you are not the intended recipient, be advised that any unauthorized use, disclosure, copying, distribution or
 the taking of any action in reliance on the contents of this information is strictly prohibited. If you have received this email in error, please immediately notify the sender via telephone or return email.</td>
</tr>
</tbody>
</table>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>