thank u very much sir<div><br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 12, 2012 at 3:59 PM, Oliver, Gavin <span dir="ltr"><<a href="mailto:gavin.oliver@almacgroup.com" target="_blank">gavin.oliver@almacgroup.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal">Hi, <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><br>I am wondering what the quickest way to get from an Ensembl gene ID to a corresponding chromosomal band is with the core API?<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I can get all the karyotype bands for the slice as follows:<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">my $gene = $gene_adaptor->fetch_by_stable_id($geneid);<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">my @{$slicekaryo} = $gene->slice->get_all_KaryotypeBands;<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal">But I want to know the most succinct way to retrieve only the band the gene corresponds to.<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Best, <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">
<u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Gavin<u></u><u></u></p></div><font face="Tahoma">
<p class="MsoNormal"><strong><b><span style="COLOR:blue;FONT-SIZE:12pt"><font face="Times New Roman">  </font></span></b></strong></p>
<p class="MsoNormal"><font color="#000000"><span lang="EN-GB" style="FONT-FAMILY:'Times New Roman'">The contents of this message and any attachments to it are confidential and may be legally privileged. If you have received this message in error, you should delete it from your system immediately and advise the sender.<u></u><u></u><u></u></span></font></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:'Times New Roman'"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><font color="#0000ff"><span lang="EN-GB" style="font-family:'Times New Roman'">Almac Group (UK) Limited, registered no. NI061368.<span>  </span>Almac Sciences Limited, registered no. NI041550.<span>  </span>Almac Discovery Limited, registered no. NI046249. <span> </span>Almac Pharma Services Limited, registered no. NI045055.<span>  </span>Almac Clinical Services Limited, registered no. NI041905.<span>  </span>Almac Clinical Technologies Limited, registered no. NI061202. <span> </span>Almac Diagnostics Limited, registered no. NI043067.<span>  </span>All preceding companies are registered in <u></u><u></u>Northern Ireland<u></u> with a registered office address of Almac House, 20 Seagoe Industrial Estate, <u></u><u></u>Craigavon<u></u>, <u></u>BT63 5QD<u></u>, <u></u>UK<u></u><u></u>. <span> </span><u></u><u></u></span></font></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:'Times New Roman'"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:'Times New Roman'">Almac Sciences (<u></u>Scotland<u></u>) Limited, registered in <u></u><u></u>Scotland<u></u><u></u> no. SC154034. <u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:'Times New Roman'"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-GB" style="font-family:'Times New Roman'">Almac Clinical Services LLC, Almac Clinical Technologies LLC and Almac Diagnostics LLC are <u></u><u></u>Delaware<u></u><u></u> limited liability companies and Almac Group Incorporated is a Delaware Corporation.<span>  </span>More information on the Almac Group can be found on the Almac website: <a href="http://www.almacgroup.com" target="_blank">www.almacgroup.com</a><u></u><u></u></span></p>
</font>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>