<html><head><base href="x-msg://3777/"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">You need to specify some parameters for the Condel plugin<div><br></div><div>--plugin Condel,/path/to/VEP_plugins/config/Condel/config,b,2<br><div apple-content-edited="true">
<span class="Apple-style-span" style="font-family: Helvetica; font-size: 12px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="'Devanagari MT'" size="7"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 27px; "><font class="Apple-style-span" face="'Lucida Grande'" size="3"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 12px; "><br class="Apple-interchange-newline"></span></font><font class="Apple-style-span" size="5"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px; ">ॐ</span></font></span></font></p></span><p></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 6px; margin-left: 0px; line-height: 19px; font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; ">Michael Yourshaw</span></p><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">UCLA Geffen School of Medicine</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">Department of Human Genetics, Nelson Lab</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">695 Charles E Young Drive S</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">Gonda 5554</span></div><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 3px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">Los Angeles CA 90095-8348 USA</span></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 3px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; color: rgb(0, 0, 153); "><span style="text-decoration: underline; letter-spacing: 0px; "><a href="mailto:myourshaw@ucla.edu">myourshaw@ucla.edu</a></span></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 6px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">970.691.8299</span></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 6px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 9px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">This message is intended only for the use of the addressee and may contain information that is PRIVILEGED and CONFIDENTIAL, and/or may contain ATTORNEY WORK PRODUCT. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination of this communication is strictly prohibited. If you have received this communication in error, please erase all copies of the message and its attachments and notify us immediately. Thank you.</span></p><div><font class="Apple-style-span" size="1"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 9px; "><br></span></font></div></span><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline"></span></div></span>
</div>
<br><div><div>On Jun 15, 2012, at 15:04, Koul, Sunita wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: 'Lucida Grande'; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div class="WordSection1"><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">Hi</div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; ">I am trying to run Condel using the variant effect predictor using the following command</div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; ">perl variant_effect_predictor.pl -i input.vcf --plugin Condel</span></div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; "> </span></p><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; ">I get the error</span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; ">Can't locate loadable object for module Win32 in @INC (@INC contains: E:\Perl\variant_effect_predictor\Bio\bioperl-1.2.3 E:\Perl\variant_effect_predictor\Bio\ensembl\modules E:\Perl\variant_effect_predictor\Bio\ensembl-compara\modules</span></div><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; ">E:\Perl\variant_effect_predictor\Bio\ensembl-variation\modules E:\Perl\variant_effect_predictor\Bio\ensembl-functgenomics\modules E:\Perl\variant_effect_predictor\Bio\ensembl-variation\modules\Bio\EnsEMBL\Variation\Utils ---</span></div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; "> </span></p><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; ">Any idea why this is happening(I am using Windows to run this tool)</span></div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; "> </span></p><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; "> </span></p><div style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "><span style="font-size: 10pt; font-family: 'Courier New'; ">Sunita</span></div><p class="MsoNormal" style="margin-top: 0in; margin-right: 0in; margin-left: 0in; margin-bottom: 0.0001pt; font-size: 11pt; font-family: Calibri, sans-serif; "> </p></div><br><br><table style="font-size: 11px; font-family: arial, sans-serif; font-weight: bold; font-style: italic; "><tbody><tr><td style="border-top-width: 1px; border-top-style: solid; border-top-color: rgb(0, 0, 0); padding-top: 7px; ">The materials in this email are private and may contain Protected Health Information. If you are not the intended recipient, be advised that any unauthorized use, disclosure, copying, distribution or the taking of any action in reliance on the contents of this information is strictly prohibited. If you have received this email in error, please immediately notify the sender via telephone or return email.</td></tr></tbody></table>_______________________________________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" style="color: blue; text-decoration: underline; ">Dev@ensembl.org</a><br>List admin (including subscribe/unsubscribe):<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog:<span class="Apple-converted-space"> </span><a href="http://www.ensembl.info/" style="color: blue; text-decoration: underline; ">http://www.ensembl.info/</a><br></div></span></blockquote></div><br></div></body></html>