<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">There are a few instances in the Constants.pm OVERLAP_CONSEQUENCES hash where the SO_accession is an SO alt_id rather than the primary ID of the current Sequence Ontology so.obo file dated 02:05:2012 11:08. <div><br></div><div>name<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>Constants.pm<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>SequenceOntology</div><div>synonymous_variant<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>SO:0001588<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>SO:0001819</div><div>inframe_codon_gain<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>SO:0001651<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>SO:0001821</div><div>inframe_codon_loss<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> SO:0001652      </span><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">SO:0001822</span><br><div><br></div><div><br></div><div>Also, I can’t find SO:X000101, SO:X000102, and SO:X000103 in the SO document (partial_overlap, entirely_within_feature, and complete_overlap_feature).</div><div><br></div><div><div apple-content-edited="true"><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; font-family: Helvetica; font-size: 12px; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; "><p class="MsoNormal"><font class="Apple-style-span" face="'Devanagari MT'" size="7"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 27px; "><font class="Apple-style-span" size="5"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 18px; ">ॐ</span></font></span></font></p></span><p></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 6px; margin-left: 0px; line-height: 19px; font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; "><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'Lucida Grande'; font-size: 10px; ">Michael Yourshaw</span></p><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">UCLA Geffen School of Medicine</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">Department of Human Genetics, Nelson Lab</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">695 Charles E Young Drive S</span></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">Gonda 5554</span></div><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 3px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">Los Angeles CA 90095-8348 USA</span></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 3px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; color: rgb(0, 0, 153); "><span style="text-decoration: underline; letter-spacing: 0px; "><a href="mailto:myourshaw@ucla.edu">myourshaw@ucla.edu</a></span></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 6px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 10px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">970.691.8299</span></p><p style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 6px; margin-left: 0px; font: normal normal normal 9px/normal 'Lucida Grande'; "><span style="letter-spacing: 0px; ">This message is intended only for the use of the addressee and may contain information that is PRIVILEGED and CONFIDENTIAL, and/or may contain ATTORNEY WORK PRODUCT. If you are not the intended recipient, you are hereby notified that any dissemination of this communication is strictly prohibited. If you have received this communication in error, please erase all copies of the message and its attachments and notify us immediately. Thank you.</span></p><div><font class="Apple-style-span" size="1"><span class="Apple-style-span" style="font-size: 9px; "><br></span></font></div><br class="Apple-interchange-newline"><br class="Apple-interchange-newline"></div>
</div>
<br></div></div></body></html>