<br><div>Hello,</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">I would like to announce Genome Maps to Ensembl developers, it is a young HTML5 web-based genome browser developed during last months in my lab. I do think this project may be of interest to many Ensembl users and developers, any comment or suggestion will be appreciated.</span></div>

<div><br></div><div>For a quick visit just go to:   <a href="http://genomemaps.org/">http://genomemaps.org/</a>     But let me comment and explain some features.</div><div><br></div><div><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">I consider that Genome Maps is stable enough to be announce and used by the community. Actually this is a second release and contains many more biological features and performance improvements. </span><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;background-color:rgb(255,255,255)">Genome Maps is built with open and free technologies like HTML5 and SVG inline, so no plug-in is needed in modern Internet browsers. We’ve focused on providing the best user experience possible with a modern drag navigation and many features included.</span></div>

<div><br></div><div><b>Goals</b></div><div>One of the goals was to implement a modern genome browser based on modern web technologies such as HTML5+SVG inline or RESTful web services. Other goal of this project was to provide to the community with a very fast and real time genome browser with many features and biological data integrated on it. Genome Maps has been designed to be very efficient in CPU and memory; and to be easily embedded in any web application or project. </div>

<div><br></div><div><b>Biological data</b></div><div>Biological data is taken from CellBase project (<a href="http://docs.bioinfo.cipf.es/projects/cellbase">http://docs.bioinfo.cipf.es/projects/cellbase</a>) which provide very efficient RESTful web services API from a homemade database that integrate information from Ensembl and many other sources like Uniprot, COSMIC, IntAct, etc</div>

<div><br></div><div><b>Main features</b></div><div>There are many features, even though some of them are not still documented but they will be in a few days, let me just comment a few of them:</div><div> * Biological features like genome sequence, genes, transcripts, TFBS, miRNA targets, SNPs, COSMIC mutations, regulatory features, etc are available through tracks that can be hidden from the menu</div>

<div> * Data is cached to minimised remote connections. Memory is also under control.</div><div> * Eleven species available (more are coming)</div><div> * 4 main panels: 'Karyotype', 'Chromosome', 'Region Overview' and 'Detailed information' allow to navigate through genomes. Keyboard navigation is also available. An auto-complete quick search text box is also implemented. Users can also drag main panel.</div>

<div> * All features show a pop-up when mouse is over them with, some of the features are also clickable and show a rich info window with a lot information depending on the feature.</div><div> * DAS client implemented, DAS server can be also added to Genome Maps</div>

<div> * Import local files, through "Plugins > Load " local data can be loaded</div><div> * many others...  and many more coming!</div><div><br></div><div>Genome Maps technology is being used in some applications form our lab like VARIANT (<a href="http://variant.bioinfo.cipf.es/">http://variant.bioinfo.cipf.es/</a>).</div>

<div><br></div><div>Notice that, even though, Genome Maps does not pretend to be a replacement to any other genome browser as all them have very nice features, I do think this project may be of interest to many bioinformaticians as many of them are using it right now and embedding it in their applications.</div>

<div><br></div><div>I hope Genome Maps <span style="background-color:rgb(255,255,255);color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px">can be useful for you and feel free to contact me if some features are needed or some bugs are found.</span></div>

<div><br></div><div>Best regards,</div><div><br></div><div>Nacho</div><div><br></div><div>-----------------------------------------------------------<br>Ignacio Medina Castello<div>Head of the Computational Biology Unit<div>

Bioinformatics & Genomics Department</div>
<div>Prince Felipe Research Centre (CIPF)<div>C./Eduardo Primo Yúfera (Científic), nº 3</div><div>(Junto Oceanografico)<br>46012 Valencia, Spain.<br><br>Tfn: <a href="tel:%2B34%2096%20328%2096%2080%20ext%3A%201016" value="+34963289680" target="_blank">+34 96 328 96 80 ext: 1016</a> <a href="tel:%28%2B34%C2%A096%20328%2096%2081" value="+34963289681" target="_blank">(+34 96 328 96 81</a> 1016)<div>

Fax: <a href="tel:%2B34%2096%20328%2097%2001" value="+34963289701" target="_blank">+34 96 328 97 01</a><br>
Web : <a href="http://bioinfo.cipf.es/" target="_blank">http://bioinfo.cipf.es</a><br>-----------------------------------------------------------</div></div></div></div><br></div>