Hi All<div><br></div><div>I got variation IDs with SQL sentences, but their numbers are inconsistent with the result from API.</div><div><br></div><div>For example, my SQL counts gene ENSG00000089234 has 38 insertions, 45 deletions, 5 indels, 0 substitution. However, Ensembl API read out 30 insertions, 40 deletions 1 substitutions.</div>
<div><br></div><div>If anyone know the reason that causes the difference, please tell me.  Thanks</div><div><br></div><div>My SQL  for insertion:</div><div><br></div><div>( SELECT att.value,vf.variation_name</div><div>FROM transcript_variation tv</div>
<div>LEFT JOIN variation_feature vf ON ( vf.variation_feature_id = tv.variation_feature_id ) </div><div>LEFT JOIN attrib att ON ( att.attrib_id = vf.class_attrib_id ) </div><div>WHERE tv.feature_stable_id = 'ENST00000419234'</div>
<div>     AND att.value = 'insertion' )</div><div><br></div><div>union</div><div><br></div><div><div>( SELECT att.value,vf.variation_name</div><div>FROM transcript_variation tv</div><div>LEFT JOIN variation_feature vf ON ( vf.variation_feature_id = tv.variation_feature_id ) </div>
<div>LEFT JOIN attrib att ON ( att.attrib_id = vf.class_attrib_id ) </div><div>WHERE tv.feature_stable_id = 'ENST00000327551'</div><div>     AND att.value = 'insertion' )</div></div><div><br></div><div><div>
union</div><div><br></div><div><div>( SELECT att.value,vf.variation_name</div><div>FROM transcript_variation tv</div><div>LEFT JOIN variation_feature vf ON ( vf.variation_feature_id = tv.variation_feature_id ) </div><div>
LEFT JOIN attrib att ON ( att.attrib_id = vf.class_attrib_id ) </div><div>WHERE tv.feature_stable_id = 'ENST00000547043'</div><div>     AND att.value = 'insertion' )</div></div><div><br></div><div><div>union</div>
<div><br></div><div><div>( SELECT att.value,vf.variation_name</div><div>FROM transcript_variation tv</div><div>LEFT JOIN variation_feature vf ON ( vf.variation_feature_id = tv.variation_feature_id ) </div><div>LEFT JOIN attrib att ON ( att.attrib_id = vf.class_attrib_id ) </div>
<div>WHERE tv.feature_stable_id = 'ENST00000539060'</div><div>     AND att.value = 'insertion' )</div></div></div><div><br></div><div><br></div>-- <br><div><font face="verdana, sans-serif" size="1">Gang Chen</font></div>
<div><font face="verdana, sans-serif" size="1">TILSI</font></div><div><font face="verdana, sans-serif" size="1"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Taicang Institute For Life Science Information</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="background-color:rgb(255,255,255)">Address: A2/162, Renmin South Road, Taicang, 215400, Jiangsu Province, P.R.China</span><br style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Phone:£¨+86£©512-82782588</span></font></div>
<br>
</div>