Hi ib,<div><br></div><div>I have chosen RefSeq mRNA and RefSeq protein ID in Attributes -> External References, but still, I didn't get RefSeq version. For example, via BioMart, I've got:</div><div><br></div><div>
ENSG00000259662    ENST00000539570     NP_976307     NM_203373<font face="sans-serif" size="3"><br></font><br>Note that there are no RefSeq versions. Instead, I would like to get:</div><div><br></div><div>ENSG00000259662    ENST00000539570    NP_976307.2   NM_203373.2</div>
<div><br></div><div>Do you know how to get data this way?</div><div>Regards,</div><div>Gustavo</div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 23, 2012 at 6:18 PM, i b <span dir="ltr"><<a href="mailto:ibseq12@gmail.com" target="_blank">ibseq12@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">hi gustavo,<br>
I have done a similar thing on biomart and was ok...did you choose<br>
refseq on the list on biomart while doing the conversion.if im not<br>
wrong shoudl be under attributes/external...<br>
<br>
let me know i might be able to do it and see if it works<br>
<br>
regards,<br>
ib<br>
<br>
On Thu, Aug 23, 2012 at 9:52 PM, Gustavo Franca <<a href="mailto:gsfranca@gmail.com">gsfranca@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hello,<br>
><br>
> I would like to retrieve a table with all human genes, containing Ensembl<br>
> Gene IDs, Ensembl Transcript IDs, Ensembl Protein IDs and their respective<br>
> RefSeq mRNA IDs and RefSeq peptide IDs. As an example, see the last table<br>
> (External references) shown in KIR2DL5A page:<br>
> <a href="http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Matches?g=ENSG00000215764;r=GL000209.1:7891-96246" target="_blank">http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Matches?g=ENSG00000215764;r=GL000209.1:7891-96246</a><br>

><br>
> I realized that it is possible to get ID conversions via BioMart, however,<br>
> the BioMart output does not provide me the version of the RefSeq entry as<br>
> shown in the above example. (e.g: ENST00000344867    NP_055034.2<br>
> NM_014219.2). So, I would like to retrieve Ensembl transcripts and their<br>
> corresponding RefSeq versions.<br>
> Anyone could help me out on this?<br>
><br>
> Thank you very much,<br>
> Gustavo<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> List admin (including subscribe/unsubscribe):<br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>