<div>Thank you, Thibaut, for the response.  The script <a href="http://dump_transcripts.pl">dump_transcripts.pl</a> now runs after I upgraded my version of perl.  </div><div> </div><div>I have some more questions after running the script. Hopefully the Ensembl community can help me out.  </div>
<div> </div><div>1)  Is it possible to output the gene id as a Entrez Gene_id.  I only get output for the ensembl gene stable_id by $gene->stable_id.  But this id is internal to ensembl right?  How I find out the public gene id or gene name based on the stable_id?</div>
<div> </div><div>2)  Is there a way to get the counts or the number of mRNAs that map to a particular Exon or Transcript?</div><div> </div><div>Thank you all in advance!</div><div> </div><div>Jerry</div><div><br> </div><div class="gmail_quote">
On Fri, Aug 24, 2012 at 7:15 AM, th3 <span dir="ltr"><<a href="mailto:th3@sanger.ac.uk" target="_blank">th3@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;padding-left:1ex;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-width:1px;border-left-style:solid" class="gmail_quote">
Hi Jerry,<br>
You need bioperl in your PERL5LIB.<br>
We are using bioperl-1.2.3 so I would recommend you to use this one. (But the newest bioperl should work too)<br>
<br>
Hope this help<br>
<br>
Thibaut<br>
<br>
==============================<u></u>==============================<u></u>==<br>
<br>
I ran the script <a href="http://dump_transcripts.pl" target="_blank">dump_transcripts.pl</a> listed above and got a whole bunch of errors such as those listed below. Does the new release of Ensembl 68 have something to do with it where modules were changed? I re-installed Emsembl API but it still doesn’t work. Perhaps the name of the modules changed thus they need to be changed in the script as well? Please advice. Thank you!<br>

<br>
Error Output:<br>
——————– WARNING ———————-<br>
MSG: ‘Bio::EnsEMBL::DBSQL::<u></u>GeneAdaptor’ cannot be found.<br>
Exception Can’t locate Bio/PrimarySeqI.pm in @INC (<br>
<br>
BEGIN failed–compilation aborted at /home/jli/src/ensembl/modules/<u></u>Bio/EnsEMBL/Slice.pm line 62.<br>
Compilation failed in require at /home/jli/src/ensembl/modules/<u></u>Bio/EnsEMBL/DBSQL/<u></u>SliceAdaptor.pm line 99.<br>
BEGIN failed–compilation aborted at /home/jli/src/ensembl/modules/<u></u>Bio/EnsEMBL/DBSQL/<u></u>SliceAdaptor.pm line 99.<br>
Compilation failed in require at /home/jli/src/ensembl/modules/<u></u>Bio/EnsEMBL/DBSQL/GeneAdaptor.<u></u>pm line 67.<br>
BEGIN failed–compilation aborted at /home/jli/src/ensembl/modules/<u></u>Bio/EnsEMBL/DBSQL/GeneAdaptor.<u></u>pm line 67.<br>
Compilation failed in require at (eval 8) line 3.<br>
<br>
FILE: Bio/EnsEMBL/Registry.pm LINE: 1015<br>
CALLED BY: <a href="http://dump_transcripts.pl" target="_blank">dump_transcripts.pl</a> LINE: 88<br>
Date (localtime) = Thu Aug 23 16:54:56 2012<br>
Ensembl API version = 68<br>
<br>
Jerry<br>
<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
List admin (including subscribe/unsubscribe): <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br>