
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html charset=us-ascii"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Apologies for a possible duplicated message; the first version was bounced for being too long. This version omits output files.<div><br></div><div>1. In TranscriptVariationAllele.pm (CVS version of 2012-09-12) it is possible to have an undefined $hgvs_transcript-{type}, which causes this series of errors:<div><br></div><div><div>Use of uninitialized value in string eq at /share/apps/myourshaw/ensembl/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm line 909, <GEN1> line 305.</div><div>Use of uninitialized value in string eq at /share/apps/myourshaw/ensembl/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm line 914, <GEN1> line 305.</div><div>Use of uninitialized value in string eq at /share/apps/myourshaw/ensembl/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm line 932, <GEN1> line 305.</div><div>Use of uninitialized value in string eq at /share/apps/myourshaw/ensembl/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm line 946, <GEN1> line 305.</div><div>Use of uninitialized value in string eq at /share/apps/myourshaw/ensembl/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm line 950, <GEN1> line 305.</div><div><br></div><div>In the attached VCF file, 5:96101028 is an example of this error.</div><div><br></div><div>2. Also in TranscriptVariationAllele.pm $self->transcript_variation->cds_end() can be undefined, causing this error:</div><div><br></div><div>Use of uninitialized value in substr at /share/apps/myourshaw/ensembl/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm line 1121, <GEN1> line 452.</div><div><br></div><div>In the attached VCF file, 17:7186959 is an example of this error.</div><div><br></div><div>3. In the Conservation.pm VEP plugin with default parameters, @$scores == 0 causes this error:</div><div><br></div><div>Plugin 'Conservation' went wrong: Illegal division by zero at /share/apps/myourshaw/VEP_plugins/Conservation.pm line 168, <GEN1> line 137.</div><div><br></div><div>In the attached VCF file, 21:34948695 is an example of this error.</div></div><div><br></div><div></div></div></body></html>