
<html>

<head>

<style><!--

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:微软雅黑

}

--></style></head>

<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>

Hi All. Sorry to bother you.<br><br>I wrote two scripts to fetch genes annotated with specific GO terms. The scripts are shown in the following:<br><br>Script 1:<br>#Store target genes in @genelist<br>my @genelist;<br><br>use Bio::EnsEMBL::Registry;<br>my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';<br>$registry->load_registry_from_db(<br>      -host       =>'ensembldb.ensembl.org',<br>      -user       =>'anonymous',<br>      -db_version =>'67');<br>my $go_adaptor=$registry->get_adaptor( 'Multi', 'Ontology', 'GOTerm' );<br>my $gene_adaptor=$registry->get_adaptor( 'drosophila melanogaster', 'Core', 'Gene' );<br><br>for $gene(@{$gene_adaptor->fetch_all}){<br>      my @db_links=@{$gene->get_all_DBLinks('GO')};<br>      for $dbe(@db_links){<br>            my $go_name=$dbe->description;<br>            push @genelist,$gene->stable_id if $go_name=~/transcription|chromatin/;<br>     }<br>}<br><br>Script 2:<br>#Store target genes in @genelist<br>my @genelist;<br><br>use Bio::EnsEMBL::Registry;<br>

my $registry = 'Bio::EnsEMBL::Registry';<br>

$registry->load_registry_from_db(<br>

      -host       =>'ensembldb.ensembl.org',<br>

      -user       =>'anonymous',<br>

      -db_version =>'67');<br>my $go_adaptor=$registry->get_adaptor( 'Multi', 'Ontology', 'GOTerm' );<br>my $gene_adaptor=$registry->get_adaptor( 'drosophila melanogaster', 'Core', 'Gene' );<br><br>for $term(@{$go_adaptor->fetch_all}){<br>

      my $name=$term->name;<br>

      my $acc=$term->accession;<br>

      if(($acc=~/^GO:/)&&($name=~/transcription|chromatin|histone/)){<br>

         for $gene(@{$gene_adaptor->fetch_all_by_GOTerm($term)}){<br>

               push @genelist,$gene->stable_id;<br>

         }<br>

     }<br>

}<br><br>Basically, Script 1 fetched all the genes, then got GO annotations for each gene. If GO matched the regular express, then push gene ID to @genelist. Script 2 fetched all the GO terms and if GO matched the regular expression, push gene ID to @genelist. The two scripts were supposed to get the same gene lists. However, They got different lists. Does anyone konw the reason? Are there anything wrong in the scripts?<br><br>Wish your help! Thanks a bunch! I really appreciate it.<br><br>Best, Mei<br>                                     </div></body>

</html>