By using fetch_all('toplevel') will the slices come ordered by region name? <br>i ask that because i want to have each slice to its chromosome**.txt<br>and the rest in some others.<br>The question is "Will chromosome 1 return in one slice? or in more?"<br>
<br>the unplaced scaffolds will surely be more than one slice (i realised that from species as Takifugu) <br><br>Patroklos<br><br><div class="gmail_quote">2012/10/7 Sergei Manakov <span dir="ltr"><<a href="mailto:siarheimanakov@gmail.com" target="_blank">siarheimanakov@gmail.com</a>></span><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">> my @slices = @{ $slice_adaptor->fetch_all('toplevel') };<br>
> i will get again the whole genome<br>
<br>
</div>Exactly. I thought your point was to get slices for the whole genome,<br>
no? With fetch_all('toplevel') you are going to have both assembled<br>
chromosomes and whatever else is there unplaced. So you do not have to<br>
do fetch_by_region('chromsome') at all, as you are going to have both<br>
chromosomes and unplaced scaffolds with 'toplevel'.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Sergei.<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
On 7 October 2012 12:09, Patroklos Samaras <<a href="mailto:patrik14@gmail.com">patrik14@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi Sergei,<br>
> thanks for your answer!<br>
><br>
> I am getting the chromosomes with the following code<br>
> " my $slice_adaptor = $reg->get_adaptor( $ARGV[0], 'Core', 'Slice' );<br>
> my $slice = $slice_adaptor->fetch_by_region('chromosome', $ARGV[1]); "<br>
><br>
> i think that with<br>
><br>
> my @slices = @{ $slice_adaptor->fetch_all('toplevel') };<br>
> i will get again the whole genome<br>
><br>
> is there any way to get the rest of the genome (unplaced scaffolds) without<br>
> the sequences i've already downloaded?<br>
><br>
> Patroklos<br>
><br>
><br>
> 2012/10/7 Sergei Manakov <<a href="mailto:siarheimanakov@gmail.com">siarheimanakov@gmail.com</a>><br>
>><br>
>> hi Patroklos,<br>
>><br>
>> If by non-chromosomal sequences you are referring to unplaced<br>
>> scaffolds (in GRCm38 those are called like GL456210.1, JH584292.1 and<br>
>> etc.), then slices for them as well as for regular chromosomes can be<br>
>> retrieved with this:<br>
>><br>
>> my @slices = @{ $slice_adaptor->fetch_all('toplevel') };<br>
>><br>
>><br>
>> Sergei.<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> On 7 October 2012 11:55, Patroklos Samaras <<a href="mailto:patrik14@gmail.com">patrik14@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> > Hi,<br>
>> > My name is Patroklos and i started using the Ensembl Api a few months<br>
>> > ago to<br>
>> > download chromosomes etc.<br>
>> > Two days ago I realized that in this way I don't get the whole Genome -<br>
>> > So I<br>
>> > need to download the non-chromosomal sequences too.<br>
>> > I looked through the tutorials and documentation but didn't really find<br>
>> > anything. Could anyone help me please?<br>
>> ><br>
>> > I'am using the 68 API version.<br>
>> ><br>
>> > Thanks in advance,<br>
>> > Patroklos<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>> > Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
>> > <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> > Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
>> ><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> --<br>
>> Sergei (Siarhei Manakou) Manakov<br>
>><br>
>> California Institute of Technology<br>
>> MC 147-75<br>
>><br>
>> land: <a href="tel:%2B1%20626%20395%203593" value="+16263953593">+1 626 395 3593</a><br>
>><br>
>> mobile: <a href="tel:%2B%201%20858%20729%204531" value="+18587294531">+ 1 858 729 4531</a><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Sergei (Siarhei Manakou) Manakov<br>
<br>
California Institute of Technology<br>
MC 147-75<br>
<br>
land: <a href="tel:%2B1%20626%20395%203593" value="+16263953593">+1 626 395 3593</a><br>
<br>
mobile: <a href="tel:%2B%201%20858%20729%204531" value="+18587294531">+ 1 858 729 4531</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>