Hi Sergei,<br>thanks for your answer!<br><br>I am getting the chromosomes with the following code<br>" my $slice_adaptor = $reg->get_adaptor( $ARGV[0], 'Core', 'Slice' );<br>my $slice = $slice_adaptor->fetch_by_region('chromosome', $ARGV[1]); "<br>
<br>i think that with<br>my @slices = @{ $slice_adaptor->fetch_all('toplevel') };<br>i will get again the whole genome<br><br>is there any way to get the rest of the genome (unplaced scaffolds) without the sequences i've already downloaded?<br>
<br>Patroklos<br><br><div class="gmail_quote">2012/10/7 Sergei Manakov <span dir="ltr"><<a href="mailto:siarheimanakov@gmail.com" target="_blank">siarheimanakov@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
hi Patroklos,<br>
<br>
If by non-chromosomal sequences you are referring to unplaced<br>
scaffolds (in GRCm38 those are called like GL456210.1, JH584292.1 and<br>
etc.), then slices for them as well as for regular chromosomes can be<br>
retrieved with this:<br>
<br>
my @slices = @{ $slice_adaptor->fetch_all('toplevel') };<br>
<br>
<br>
Sergei.<br>
<div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
On 7 October 2012 11:55, Patroklos Samaras <<a href="mailto:patrik14@gmail.com">patrik14@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
> My name is Patroklos and i started using the Ensembl Api a few months ago to<br>
> download chromosomes etc.<br>
> Two days ago I realized that in this way I don't get the whole Genome - So I<br>
> need to download the non-chromosomal sequences too.<br>
> I looked through the tutorials and documentation but didn't really find<br>
> anything. Could anyone help me please?<br>
><br>
> I'am using the 68 API version.<br>
><br>
> Thanks in advance,<br>
> Patroklos<br>
><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Sergei (Siarhei Manakou) Manakov<br>
<br>
California Institute of Technology<br>
MC 147-75<br>
<br>
land: <a href="tel:%2B1%20626%20395%203593" value="+16263953593">+1 626 395 3593</a><br>
<br>
mobile: <a href="tel:%2B%201%20858%20729%204531" value="+18587294531">+ 1 858 729 4531</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br>