Hi Chris,<div><br></div><div>It looks like your API install is out of date - I don't know who maintains these in /software/vertres/, but presumably they have not been updated post-release (we sometimes put fixes in after the initial release).</div>
<div><br></div><div>Either get whoever maintains them to update, check out your own version using CVS (see <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_cvs.html">http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_cvs.html</a>) and modify your PERL5LIB or use perl -I /path/to/me/ensembl-variation/modules, or use the INSTALL.pl script included in the tarball available from the VEP documentation page (<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html#download">http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html#download</a>).</div>
<div><br></div><div>Any reason you're not using the latest version (2.7)?</div><div><br></div><div>Cheers</div><div><br></div><div>Will</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 7 November 2012 14:12,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:cj5@sanger.ac.uk" target="_blank">cj5@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
We are having problems running the VEP script version 2.4 in offline mode using the mouse cache, eg:<br>
<br>
cat mouse.vcf | <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> --species mus_musculus --gene --hgnc --format vcf -o mouse.vep.txt --force_overwrite --cache<br>
--dir /lustre/scratch105/projects/g1k/ref/vep_cache --offline<br>
<br>
Can't call method "length" on unblessed reference at<br>
/software/vertres/lib/all/ensembl/66/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 1758, <STDIN> line 11.<br>
<br>
The example vcf looks looks this:<br>
<br>
##fileformat=VCFv4.1<br>
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="# high-quality bases"><br>
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"><br>
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"><br>
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="List of Phred-scaled genotype likelihoods"><br>
##FORMAT=<ID=SP,Number=1,Type=Integer,Description="Phred-scaled strand bias P-value"><br>
##INFO=DP,1,Integer,"Total Depth"<br>
##INFO=AC,-1,Integer,"Allele count in genotypes"<br>
##INFO=AN,1,Integer,"Total number of alleles in called genotypes"<br>
#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  AJ<br>
1       3000054 .       AGGGGGGGGGG     AGGGGGGGGGGG    36.5    PASS    AC=2;AN=34      GT:PL:DP:SP:GQ  1/1:74,39,0:13:0:99<br>
<br>
It looks like a problem with the cache itself, because if we simply change the position 3000054  to 13000054 (for example), it works. We<br>
tried downloading and re-installing the cache files but the problem persists. Could you please advise?<br>
<br>
Thanks<br>
Chris<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>