Hi Juha,<div><br></div><div>You can use the INSTALL.pl script in $HOME/ensembl-api-folder/ensembl-tools/scripts/variant_effect_predictor/ to retrieve the latest cache files after you have done the CVS update as suggested by Andy.</div>
<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 8 November 2012 13:02, Andy Yates <span dir="ltr"><<a href="mailto:ayates@ebi.ac.uk" target="_blank">ayates@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Juha,<br>
<br>
Currently our update procedure is to download a fresh VM from our FTP site with each release as we will be introducing more things into it as we merge our various internal VMs. However the APIs on the VMs are just CVS checkouts with little dependency on the underlying OS so you can update say the 68 API to 69 by doing:<br>

<br>
cd $HOME/ensembl-api-folder<br>
for d in ensembl*; do<br>
echo Updating $d<br>
cd $d && cvs -q update -dP -A -r branch-ensembl-69 && cd -<br>
done<br>
<br>
The VEP cache files need to be re-downloaded but there should be no OS dependency issues with them<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
Andy<br>
<br>
Andrew Yates                   Ensembl Core Software Project Leader<br>
EMBL-EBI                       Tel: <a href="tel:%2B44-%280%291223-492538" value="+441223492538">+44-(0)1223-492538</a><br>
Wellcome Trust Genome Campus   Fax: <a href="tel:%2B44-%280%291223-494468" value="+441223494468">+44-(0)1223-494468</a><br>
Cambridge CB10 1SD, UK         <a href="http://www.ensembl.org/" target="_blank">http://www.ensembl.org/</a><br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On 8 Nov 2012, at 05:27, <a href="mailto:juha.muilu@kolumbus.fi">juha.muilu@kolumbus.fi</a> wrote:<br>
<br>
><br>
> Hi<br>
> Wondering what  is the best procedure to update existing ensemble virtual machine to the latest release.  Are there any dependencies with operating system or cache settings variation api is using for example?<br>
><br>
> Best regards, Juha<br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>