Hi Duarte,<div><br></div><div>Thanks for the suggestions.</div><div><br></div><div>The @ARGV thing slipped through the net! I've fixed that on the CVS tree, but using a slightly different change to the one you suggest.</div>
<div><br></div><div>There is nothing in GetOptions that requires you specify --dir or --cache_region_size; GetOptions will only fail if you provide an invalid option, for example providing a string to --db_version instead of an integer.<br>
</div><div><br></div><div>cache_region_size is not mentioned at all because it is not an option you should be changing unless you really really know what you are doing - it is there mainly to assist me in development.</div>
<div><br></div><div>Thanks again</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 8 November 2012 15:24, Duarte Molha <span dir="ltr"><<a href="mailto:Duarte.Molha@ogt.co.uk" target="_blank">Duarte.Molha@ogt.co.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple"><div><p class="MsoNormal">Dear Developers<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">
<u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I had a play around with the new gtf2vep script and came across a few bugs and incomplete help.<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I have made some improvements on the help usage information and corrected the bugs on line 29 , 30 and 34<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Briefly, the first issue I encountered is that I believe the “cache_region_size” and the “dir” arguments are suppose to be optional since they are assigned default values on lines 46 and 49<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">They are set to be required so the script does not pass the GetOptions step if you do not provide them. <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">Also the  “cache_region_size” wasn’t even mentioned in the usage information so I added it.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">In line 34 the if statement:<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">if(defined($config->{help}) || !@ARGV) <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">would always fail because on a correctly input command line, after the GetOptions step the @ARGV variable should be empty. So the expression for a valid syntax would always return true and the script would not continue. <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">I corrected it to:<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal">if(defined($config->{help}) || @ARGV) <u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I also took the liberty to indicate in the help session what arguments a really required and what arguments are optional.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">I hope you agree with the changes.<u></u><u></u></p><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Best regards<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><u></u><u></u></font></span></span></p>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif""><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial","sans-serif"">Duarte Molha<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></font></span></div></div><br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>