Hello Oyediran,<div><br></div><div>You will need to use a TranscriptMapper object; <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1TranscriptMapper.html" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1TranscriptMapper.html</a></div>

<div><br></div><div>The method you should use is cdna2genomic. Note that this returns an array of coordinate objects; this is useful to know if, for example, your coordinates only partially overlap the transcript.</div><div>

<br></div><div>Here's a bit of code to get you started:</div><div><br></div><div>my $reg = 'Bio::EnsEMBL::Registry';</div><div>$reg->load_registry_from_db(-host => '<a href="http://ensembldb.ensembl.org" target="_blank">ensembldb.ensembl.org</a>',-user => 'anonymous');<br>

</div><div><br></div><div>my $ta = $reg->get_adaptor('human','core','transcript');</div><div><br></div><div>my $t = $ta->fetch_by_stable_id('ENST00000373968');</div><br>my $mapper = Bio::EnsEMBL::TranscriptMapper->new($t);<br>

<br>@coords = $trmapper->cdna2genomic( 123, 554 );<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div>
<div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 15 November 2012 10:45, Oyediran Akinrinade <span dir="ltr"><<a href="mailto:oyediran.akinrinade@helsinki.fi" target="_blank">oyediran.akinrinade@helsinki.fi</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
<br>
Hello,<br>
<br>
I have a list of ensembl transcripts IDs with their corresponding cDNA<br>
positions and I will like to get their genomic positions using the<br>
ensembl API. I have no experience with perl although I have<br>
installed ensembl-api on my mac computer. There are about 6000 IDs<br>
that I will like to get their genomic cordinates/positions, and<br>
web-based queries will not be the best solution. To this end, I<br>
write to request for your assistance.<br>
<br>
Looking forward to hearing from you soonest.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
-Oyediran<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>