Hi Sarah,<div><br></div><div>I could not see any problem after a fresh install:</div><div>cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/ensembl checkout -r branch-ensembl-69 ensembl-variation</div><div><br></div><div>Previously, I tried to update existing local ensembl via:</div>
<div>cvs -q update -d -P -r branch-ensembl-69</div><div><br></div><div>Do I have to do a fresh install rather than an update?</div><div>Can you review the document below regarding CVS update?</div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_cvs.html">http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_cvs.html</a></div>
<div><br></div><div>Cheers,</div><div>Sung<br><br><div class="gmail_quote">On 21 November 2012 14:13, Sarah Hunt <span dir="ltr"><<a href="mailto:seh@ebi.ac.uk" target="_blank">seh@ebi.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Sung,<br>
<br>
Did you pick up the new API version by CVS checkout? If so, can you<br>
try checking out a new version to a different location and see if you<br>
still have this problem.<br>
<br>
Also - there is no need to send queries to the variation team as well<br>
as <a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>. We all receive the messages to <a href="mailto:dev@ensembl.org">dev@ensembl.org</a>, so<br>
this is the only address you need use.<br>
<br>
Best wishes,<br>
<br>
Sarah<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Wed, Nov 21, 2012 at 1:30 PM, Sung Gong <sung@bio.cc> wrote:<br>
> This one as well:<br>
> Exception syntax error at<br>
> ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm<br>
> line 777, near "elsif"<br>
><br>
><br>
> On 21 November 2012 13:25, Sung Gong <sung@bio.cc> wrote:<br>
>><br>
>> Hi,<br>
>><br>
>> In 69 API version, I found followings:<br>
>><br>
>> Use of bare << to mean <<"" is deprecated at<br>
>> ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm<br>
>> line 767.<br>
>> Use of bare << to mean <<"" is deprecated at<br>
>> ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/TranscriptVariationAllele.pm<br>
>> line 776.<br>
>><br>
>> Can you debug this and update CVS please?<br>
>><br>
>> Cheers,<br>
>> Sung<br>
>><br>
>><br>
>> On 22 August 2012 14:33, Sarah Hunt <<a href="mailto:seh@ebi.ac.uk">seh@ebi.ac.uk</a>> wrote:<br>
>>><br>
>>> Hi Sung,<br>
>>><br>
>>> Thanks for reporting this one. It has been updated in CVS now.<br>
>>><br>
>>> Best wishes,<br>
>>><br>
>>> Sarah<br>
>>><br>
>>> On Wed, Aug 22, 2012 at 2:15 PM, Sung Gong <sung@bio.cc> wrote:<br>
>>> > Hi,<br>
>>> ><br>
>>> > In 68 API version, you may have forgotten to write a debug flag?<br>
>>> ><br>
>>> > at line 742<br>
>>> > print "formating a dup  $hgvs_notation->{hgvs} \n" if $DEBUG==1;<br>
>>> > rather than<br>
>>> > print "formating a dup  $hgvs_notation->{hgvs} \n";<br>
>>> ><br>
>>> > Can you update CVS please?<br>
>>> ><br>
>>> > Cheers,<br>
>>> > Sung<br>
>>> > _______________________________________________<br>
>><br>
>><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>