Hello Ensemble team,<p><span lang="EN-US">I was trying to get DNA sequences from a list of orthologous genes among a group of species by using the Compara API. The API version used is 69 in windows 7. <br></span></p><p><span lang="EN-US">I started by following the answer to one of the FAQs, which I thought was quite similar to my question:</span> 'How do I get alignments of homologous proteins? Can I get the CDS (coding sequence) alignments as well?  I'm using the API'. 'Yes, both can be obtained using the Compara API: see this <a rel="external" href="http://cvs.sanger.ac.uk/cgi-bin/viewvc.cgi/ensembl-compara/scripts/examples/tree_printAlignment.pl?revision=1.2&root=ensembl&view=markup" target="_blank">example script</a>'. Thus, I downloaded the code 'tree_printAlignment.pl' and tried to run it in my laptop by typing 'perl tree_printAlignment.pl' under the directory 'C:\src'. If it works, I may try to made some change to get homologies for the other genes. However, I could not get the 'example script' work in my computer. The error massage it gave is: MSG: 'Bio::EnsEMBL::Compara::DBSQL::GeneTreeAdaptor' cannot be found. <br>
</p><p class="MsoNormal">To give you some info of how I installed API and set up environment, here is what I did. First I installed Perl and DBD::MySQL package. I created an installation directory named 'src' under C, then I downloaded API packages including 'ensembl', 'ensembl-compara', 'ensembl-variation', 'ensembl-functgenomics', and 'BioPerl 1.2.3' into folder 'src'. Then, I set up my environment. Since I am using windows, I typed 'set PERL5LIB=C:\src\bioperl-1.2.3;C:\src\ensembl\modules;C:\src\ensembl-compara\modules' into the command prompt. Then I went to the page '<a href="http://cvs.sanger.ac.uk/cgi-bin/viewvc.cgi/ensembl-compara/scripts/examples/tree_printAlignment.pl?view=annotate&root=ensembl">http://cvs.sanger.ac.uk/cgi-bin/viewvc.cgi/ensembl-compara/scripts/examples/tree_printAlignment.pl?view=annotate&root=ensembl</a>' and downloaded the code as 'tree_printAlignment.pl' and tried to run it. I am a little suspicious about my environment setting. But I do not know what the problem is. I appreciate if someone can help me out with this. </p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><br>Best,</span></p><p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Feifei</span><span lang="EN-US"> </span>
</p>