<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii"><meta name=Generator content="Microsoft Word 12 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0cm;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0cm;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-GB link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I am stuck with 65 because there are many things are linked to it. Certainly will get kill if I change to 68.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Should I download the the API 2.3 again and wait a few hours for you to re-generate the cache?<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Many thanks for your help!! It is much appreciated!<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Best,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>King Wai<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p> </o:p></span></p><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> dev-bounces@ensembl.org [mailto:dev-bounces@ensembl.org] <b>On Behalf Of </b>Will McLaren<br><b>Sent:</b> 30 November 2012 10:23<br><b>To:</b> Ensembl developers list<br><b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] VEP return error<o:p></o:p></span></p></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p><p class=MsoNormal>Hello again,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>I've managed to find the email trail for this issue as it cropped up before.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>It seemed there were a couple of issues, one with the cache file for features on chromosome Y, and one where there were insertions or deletions falling within a transcription factor binding motif.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>I have patched in the fix for the second problem to the CVS tree for API version 65, but for the first problem I would need to re-generate the cache file which will take me a few hours.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>What is the reason you are stuck with Ensembl 65? If it is because you don't have system admin rights to install a newer API, the INSTALL.pl script does not need admin rights; it only downloads the necessary API files locally within your user area.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Cheers<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Will<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><o:p> </o:p></p><div><p class=MsoNormal>On 30 November 2012 10:11, KingWai Lau <<a href="mailto:KingWai.Lau@icr.ac.uk" target="_blank">KingWai.Lau@icr.ac.uk</a>> wrote:<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>I don’t know how to capture the line. Are there any way I can capture the error and work my way back, please advice.</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>King Wai</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> <a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a> [mailto:<a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Will McLaren<br><b>Sent:</b> 30 November 2012 10:05</span><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal><br><b>To:</b> Ensembl developers list<br><b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] VEP return error<o:p></o:p></p></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>If you can find a line of input that reproduces the error, then I can run it through a debug process here.<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>That would be great!<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Thanks<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><br>Will<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On 30 November 2012 10:01, KingWai Lau <<a href="mailto:KingWai.Lau@icr.ac.uk" target="_blank">KingWai.Lau@icr.ac.uk</a>> wrote:<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Hi,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Unfortunately, we are stuck with Ensemble 65. By now, I tried VEP 2.2 – 2.7, they return the same error. Any there anything I can do/provide so that you can help?</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Best,</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>King Wai</span><o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'> </span><o:p></o:p></p><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> <a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a> [mailto:<a href="mailto:dev-bounces@ensembl.org" target="_blank">dev-bounces@ensembl.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Will McLaren<br><b>Sent:</b> 30 November 2012 09:51<br><b>To:</b> Ensembl developers list<br><b>Subject:</b> Re: [ensembl-dev] VEP return error</span><o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Hello,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Have you tried updating your API installation?<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>I seem to recall at least one other user encountering this problem (though I can't seem to find reference to it in my email records), and I think it was fixed by a patch to the API.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>I would also recommend that you always use the latest version of the script - this is now 2.7. If you use 2.7 you _must_ have the appropriate version of the API installed - for 2.7 this is 69. You can see the corresponding versions here: <a href="http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html#download" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html#download</a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>To make it easier, you can run the INSTALL.pl script supplied in the script download archive, which will install/update the API to the appropriate version for the script.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Regards<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Will McLaren<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>Ensembl Variation<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'> <o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'>On 30 November 2012 09:16, KingWai Lau <<a href="mailto:KingWai.Lau@icr.ac.uk" target="_blank">KingWai.Lau@icr.ac.uk</a>> wrote:<o:p></o:p></p><div><div><p>Dear sir/Madam,<o:p></o:p></p><p> <o:p></o:p></p><p>We are having difficulty to use variant effect predictor. We have Ensembl API 65, homo_sapiens_vep_65_sift_polyphen.tar.gz, VEP v2.3. we use the following command, and got an error. We have tried VEP 2.4, 2.6. Do you have any ideas how to solve it?<o:p></o:p></p><p> <o:p></o:p></p><p> <o:p></o:p></p><p> <o:p></o:p></p><p>perl <a href="http://variant_effect_predictor.pl" target="_blank">variant_effect_predictor.pl</a> --host <a href="http://ensembldb.ensembl.org" target="_blank">ensembldb.ensembl.org</a> --user anonymous --port 5306 --db_version 65 --cache --dir /vep --sift b --polyphen b --ccds --hgvs --hgnc --regulatory --canonical --protein --check_existing --check_alleles --quiet --no_progress --force_overwrite --format vcf --custom FACT5728.vcf.gz,samtools,vcf,exact,0 --input_file FACT5728.vcf -o FACT5728.csv<o:p></o:p></p><p>2012-11-29 17:17:20 - Retrieved 5000 custom annotations (5000 samtools)<o:p></o:p></p><p> <o:p></o:p></p><p>-------------------- EXCEPTION --------------------<o:p></o:p></p><p>MSG: Sequence NNNNNNNNNNNNNNNNNNN contains invalid characters: Only Aa Cc Gg Tt accepted STACK Bio::EnsEMBL::Funcgen::BindingMatrix::relative_affinity /home/apps/ensembl/ensembl65/ensembl-functgenomics/modules/Bio/EnsEMBL/Funcgen/BindingMatrix.pm:296<o:p></o:p></p><p>STACK Bio::EnsEMBL::Variation::MotifFeatureVariationAllele::motif_score_delta /home/apps/ensembl/ensembl65/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/MotifFeatureVariationAllele.pm:169<o:p></o:p></p><p>STACK Bio::EnsEMBL::Variation::Utils::VEP::vf_to_consequences /home/apps/ensembl/ensembl65/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm:927<o:p></o:p></p><p>STACK Bio::EnsEMBL::Variation::Utils::VEP::get_all_consequences /home/apps/ensembl/ensembl65/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm:816<o:p></o:p></p><p>STACK main::main /home/cancgene/klau/software/vep/2.3/variant_effect_predictor/<a href="http://variant_effect_predictor.pl:161" target="_blank">variant_effect_predictor.pl:161</a><o:p></o:p></p><p>STACK toplevel /home/cancgene/klau/software/vep/2.3/variant_effect_predictor/<a href="http://variant_effect_predictor.pl:66" target="_blank">variant_effect_predictor.pl:66</a><o:p></o:p></p><p>Ensembl API version = 65<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><br>The Institute of Cancer Research: Royal Cancer Hospital, a charitable Company Limited by Guarantee, Registered in England under Company No. 534147 with its Registered Office at 123 Old Brompton Road, London SW7 3RP.<br><br>This e-mail message is confidential and for use by the addressee only. If the message is received by anyone other than the addressee, please return the message to the sender by replying to it and then delete the message from your computer and network.<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'><br>_______________________________________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><br>The Institute of Cancer Research: Royal Cancer Hospital, a charitable Company Limited by Guarantee, Registered in England under Company No. 534147 with its Registered Office at 123 Old Brompton Road, London SW7 3RP.<br><br>This e-mail message is confidential and for use by the addressee only. If the message is received by anyone other than the addressee, please return the message to the sender by replying to it and then delete the message from your computer and network.<o:p></o:p></p></div></div></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;margin-bottom:12.0pt'><br>_______________________________________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'> <o:p></o:p></p></div></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal><br>The Institute of Cancer Research: Royal Cancer Hospital, a charitable Company Limited by Guarantee, Registered in England under Company No. 534147 with its Registered Office at 123 Old Brompton Road, London SW7 3RP.<br><br>This e-mail message is confidential and for use by the addressee only. If the message is received by anyone other than the addressee, please return the message to the sender by replying to it and then delete the message from your computer and network.<o:p></o:p></p></div></div></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br>_______________________________________________<br>Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><o:p> </o:p></p></div></div><br clear="both">
The Institute of Cancer Research: Royal Cancer Hospital, a charitable Company Limited by Guarantee, Registered in England under Company No. 534147 with its Registered Office at 123 Old Brompton Road, London SW7 3RP.<BR>
<BR>
This e-mail message is confidential and for use by the addressee only.  If the message is received by anyone other than the addressee, please return the message to the sender by replying to it and then delete the message from your computer and network.<BR>
</body></html>