Looks like there's some mangling of versions in our CVS.<div><br></div><div>However, you should be OK to continue using the script that you have - as I have said it is important that API is up to date, not necessarily the script.</div>
<div><br></div><div>Will</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 5 December 2012 12:08,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:cj5@sanger.ac.uk" target="_blank">cj5@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Will,<br>
<br>
I'm following the 'Download version 2.4' link here:<br>
<br>
<a href="http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html#download" target="_blank">http://www.ensembl.org/info/docs/variation/vep/vep_script.html#download</a><br>
<br>
The script is documented as v 2.6, amongst other changes from my original 2.4 script the --gene option has been removed.<br>
<br>
If you could instruct how to get from CVS instead that would be good.<br>
<br>
Thanks<br>
Chris<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> Hello,<br>
><br>
> The most crucial thing is the API, as this is where the majority of the<br>
> code resides.<br>
><br>
> The script itself basically just parses your command line flags and sets up<br>
> database connections etc.<br>
><br>
> If you have something tagged as 2.6 then chances are that it is 2.6 -<br>
> perhaps the download is pointing to the wrong place. Are you downloading<br>
> from the Download page of the documentation or from CVS?<br>
><br>
> Will<br>
><br>
><br>
> On 5 December 2012 11:37, <<a href="mailto:cj5@sanger.ac.uk">cj5@sanger.ac.uk</a>> wrote:<br>
><br>
>> Hi Will,<br>
>><br>
>> Thanks, we are using version v2.4 because we want to remain with Ensembl<br>
>> 66 for now.<br>
>> I just downloaded v2.4 again and I note that has been modified from my<br>
>> original download, so I'll give it a try.<br>
>><br>
>> I also noticed however that it is tagged as version 2.6 - I presume this<br>
>> is a typo?<br>
>><br>
>> Thanks<br>
>> Chris<br>
>><br>
>> > Hi Chris,<br>
>> ><br>
>> > I think that's a bug that's been patched on the 66 CVS branch; the<br>
>> version<br>
>> > of the library you are using has not been patched. I don't know who<br>
>> > monitors/updates these, but a CVS update should fix it.<br>
>> ><br>
>> > Is there any reason why you're not using the latest version of VEP (2.7,<br>
>> > Ensembl API 69)?<br>
>> ><br>
>> > Regards<br>
>> ><br>
>> > Will McLaren<br>
>> > Ensembl Variation<br>
>> ><br>
>> ><br>
>> > On 5 December 2012 09:12, <<a href="mailto:cj5@sanger.ac.uk">cj5@sanger.ac.uk</a>> wrote:<br>
>> ><br>
>> >> Hi<br>
>> >><br>
>> >> I am running the VEP, version 2.4 with the following options:<br>
>> >> --regulatory<br>
>> >> --offline<br>
>> >> --sift b<br>
>> >> --polyphen b<br>
>> >> --condel b<br>
>> >> --gene<br>
>> >> --hgnc<br>
>> >> --format vcf<br>
>> >> --force_overwrite<br>
>> >> --cache<br>
>> >> --dir <dir to human cache><br>
>> >><br>
>> >> and the script crashes with:<br>
>> >><br>
>> >> Can't call method "length" on unblessed reference<br>
>> >> at<br>
>> >><br>
>> /software/vertres/lib/all/ensembl/66/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm<br>
>> >> line 1919, <STDIN> line 2154.<br>
>> >><br>
>> >> Removing the --offline option solves it, I guess the regulatory cache is<br>
>> >> incomplete?<br>
>> >><br>
>> >> Thanks<br>
>> >> Chris<br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >><br>
>> >> _______________________________________________<br>
>> >> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>> >> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
>> >> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> >> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
>> >><br>
>> > _______________________________________________<br>
>> > Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>> > Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> > Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
>> ><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
>><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>