Hi Chris,<div><br></div><div>I think that's a bug that's been patched on the 66 CVS branch; the version of the library you are using has not been patched. I don't know who monitors/updates these, but a CVS update should fix it.</div>
<div><br></div><div>Is there any reason why you're not using the latest version of VEP (2.7, Ensembl API 69)?</div><div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will McLaren</div><div>Ensembl Variation</div><div class="gmail_extra">
<br><br><div class="gmail_quote">On 5 December 2012 09:12,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:cj5@sanger.ac.uk" target="_blank">cj5@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi<br>
<br>
I am running the VEP, version 2.4 with the following options:<br>
--regulatory<br>
--offline<br>
--sift b<br>
--polyphen b<br>
--condel b<br>
--gene<br>
--hgnc<br>
--format vcf<br>
--force_overwrite<br>
--cache<br>
--dir <dir to human cache><br>
<br>
and the script crashes with:<br>
<br>
Can't call method "length" on unblessed reference<br>
at /software/vertres/lib/all/ensembl/66/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm line 1919, <STDIN> line 2154.<br>
<br>
Removing the --offline option solves it, I guess the regulatory cache is incomplete?<br>
<br>
Thanks<br>
Chris<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</blockquote></div><br></div>