Hello,<div><br></div><div>The most crucial thing is the API, as this is where the majority of the code resides.</div><div><br></div><div>The script itself basically just parses your command line flags and sets up database connections etc.</div>
<div><br></div><div>If you have something tagged as 2.6 then chances are that it is 2.6 - perhaps the download is pointing to the wrong place. Are you downloading from the Download page of the documentation or from CVS?</div>
<div><br></div><div>Will</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 5 December 2012 11:37,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:cj5@sanger.ac.uk" target="_blank">cj5@sanger.ac.uk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Will,<br>
<br>
Thanks, we are using version v2.4 because we want to remain with Ensembl 66 for now.<br>
I just downloaded v2.4 again and I note that has been modified from my original download, so I'll give it a try.<br>
<br>
I also noticed however that it is tagged as version 2.6 - I presume this is a typo?<br>
<br>
Thanks<br>
Chris<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
> Hi Chris,<br>
><br>
> I think that's a bug that's been patched on the 66 CVS branch; the version<br>
> of the library you are using has not been patched. I don't know who<br>
> monitors/updates these, but a CVS update should fix it.<br>
><br>
> Is there any reason why you're not using the latest version of VEP (2.7,<br>
> Ensembl API 69)?<br>
><br>
> Regards<br>
><br>
> Will McLaren<br>
> Ensembl Variation<br>
><br>
><br>
> On 5 December 2012 09:12, <<a href="mailto:cj5@sanger.ac.uk">cj5@sanger.ac.uk</a>> wrote:<br>
><br>
>> Hi<br>
>><br>
>> I am running the VEP, version 2.4 with the following options:<br>
>> --regulatory<br>
>> --offline<br>
>> --sift b<br>
>> --polyphen b<br>
>> --condel b<br>
>> --gene<br>
>> --hgnc<br>
>> --format vcf<br>
>> --force_overwrite<br>
>> --cache<br>
>> --dir <dir to human cache><br>
>><br>
>> and the script crashes with:<br>
>><br>
>> Can't call method "length" on unblessed reference<br>
>> at<br>
>> /software/vertres/lib/all/ensembl/66/ensembl-variation/modules/Bio/EnsEMBL/Variation/Utils/VEP.pm<br>
>> line 1919, <STDIN> line 2154.<br>
>><br>
>> Removing the --offline option solves it, I guess the regulatory cache is<br>
>> incomplete?<br>
>><br>
>> Thanks<br>
>> Chris<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> _______________________________________________<br>
>> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
>> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br>
>> <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
>> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
>><br>
> _______________________________________________<br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>