Hi Juha,<div><br></div><div>You may find the following useful:</div><div><br></div><div><a href="http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Registry.html#ac77cb4f710542fe0d53f1c8f09db5c4d">http://www.ensembl.org/info/docs/Doxygen/core-api/classBio_1_1EnsEMBL_1_1Registry.html#ac77cb4f710542fe0d53f1c8f09db5c4d</a><br>
</div><div><br></div><div>If you run this method at the start of your script, the Registry should maintain its connection to the database server more reliably. Using this comes with some overhead (the DB gets pinged before every query), which is why it is not enabled by default.</div>
<div><br></div><div>Regards</div><div><br></div><div>Will</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 30 November 2012 10:36,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:juha.muilu@kolumbus.fi" target="_blank">juha.muilu@kolumbus.fi</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Thanks Will<br>
Actually the failure don't always happen exactly after that many calls, perhaps +/-5. It is a simple loop which used to work with the rev 68. Good to know that there are no hidden cpu etc. limits in api code/mysql.  I will investigate more.<br>

Cheers, Juha<br>
Will McLaren [<a href="mailto:wm2@ebi.ac.uk" target="_blank">wm2@ebi.ac.uk</a>] kirjoitti: <br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Hi Juha,<br>
<br>
There is no limits if you are using the Perl API, no.<br>
<br>
If your script repeatedly fails after 877 calls, I suspect there is<br>
something in the 878th which is causing it to fail - if you could let us<br>
know the details of that we may be able to debug.<br>
<br>
Regards<br>
<br>
Will McLaren<br>
Ensembl Variation<br>
<br>
<br>
On 24 November 2012 19:25, <<a href="mailto:juha.muilu@kolumbus.fi" target="_blank">juha.muilu@kolumbus.fi</a>> wrote:<br>
<br>
> Hi<br>
> Wondering if queries are limited in the latest variantion api or<br>
> something? My script, which used to work with the version 68, now dies<br></div>
> after 877 calls to $variation_adaptor->fetch_by_*<u></u>*name... Best, Juha<br>
><br>
><br>
> ______________________________<u></u>**_________________<div class="im"><br>
> Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
> Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info:<br></div>
> <a href="http://lists.ensembl.org/**mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/**<u></u>mailman/listinfo/dev</a><<a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://<u></u>lists.ensembl.org/mailman/<u></u>listinfo/dev</a>><div class="im">
<br>
> Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
><br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br>
</div></blockquote><div class="HOEnZb"><div class="h5">
<br>
<br>
<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org" target="_blank">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/<u></u>mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>