<div dir="ltr">Hi Gregory,<div><br></div><div style>You need a "1" after the cache and offline options in the config file, otherwise that option will be ignored.</div><div style><br></div><div style>cache  1</div>
<div style>offline  1</div><div style><br></div><div style>In fact, you don't need to specify both cache and offline, since cache is implied by offline - just offline will do.</div><div style><br></div><div style>Regards and Merry Christmas!</div>
<div style><br></div><div style>Will McLaren</div><div style>Ensembl Variation</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 21 December 2012 16:43, Dougherty, Gregory T. <span dir="ltr"><<a href="mailto:Dougherty.Gregory@mayo.edu" target="_blank">Dougherty.Gregory@mayo.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif;word-wrap:break-word">
<div>
<div>
<div>If I use the attached config file with an installation that has the specified cache file, I get a performance of 1 variant / second on a specific vcf file.  If I run the exact same options from the command line, I get 150+ variants / second.</div>

</div>
</div>
<span>
<div>
<div style="font-size:14px;font-family:Calibri,sans-serif;word-wrap:break-word">
<div>
<div>
<div><br>
</div>
<div>Why does the config file give such horrible performance?</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<div>
<div>
<div>-- </div>
<div>Gregory Dougherty</div>
<div><span style="font-family:Arial;font-size:13px">Sr. Analyst/Programmer | Information Technology</span><span style="font-family:Arial;font-size:13px"><br>
</span><span style="font-family:Arial;font-size:13px">41st Street Professional Building</span><span style="font-family:Arial;font-size:13px"><br>
</span><span style="font-family:Arial;font-size:13px">Ff 3-410-C</span><span style="font-family:Arial;font-size:13px"><br>
</span><span style="font-family:Arial;font-size:13px"><a href="tel:%28507%29%20284-8493" value="+15072848493" target="_blank">(507) 284-8493</a> |
<a href="mailto:dougherty.gregory@mayo.edu" target="_blank">dougherty.gregory@mayo.edu</a></span><span style="font-family:Arial;font-size:13px"><font color="#0000FF"><br>
</font></span></div>
</div>
</div>
</font></span></div>
</div>
</div>
</div>
</span>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Dev mailing list    <a href="mailto:Dev@ensembl.org">Dev@ensembl.org</a><br>
Posting guidelines and subscribe/unsubscribe info: <a href="http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev" target="_blank">http://lists.ensembl.org/mailman/listinfo/dev</a><br>
Ensembl Blog: <a href="http://www.ensembl.info/" target="_blank">http://www.ensembl.info/</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>