<html><head><style>

p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph {

margin-top:0in;

margin-right:0in;

margin-bottom:0in;

margin-left:.5in;

margin-bottom:.0001pt;

}

p.MsoListParagraphCxSpFirst, li.MsoListParagraphCxSpFirst, div.MsoListParagraphCxSpFirst, p.MsoListParagraphCxSpMiddle, li.MsoListParagraphCxSpMiddle, div.MsoListParagraphCxSpMiddle, p.MsoListParagraphCxSpLast, li.MsoListParagraphCxSpLast, div.MsoListParagraphCxSpLast {

margin-top:0in;

margin-right:0in;

margin-bottom:0in;

margin-left:.5in;

margin-bottom:.0001pt;

line-height:115%;

}

</style></head><body><div style="font-family:Calibri,'Segoe UI',Meiryo,'Microsoft YaHei UI','Microsoft JhengHei UI','Malgun Gothic','Khmer UI','Nirmala UI',Tunga,'Lao UI',Ebrima,sans-serif;font-size:16px">

<div>Dear EnsEMBL team,</div><div><div><p> I am

currently trying to convert the 19 vertebrate PECAN alignment into something

resembling a pairwise synteny map of sorts (I know there are ways to get the

actual pairwise synteny, but I have something else I wish to test on this data).

To elaborate:</p><p>The goal

would be to get information on which regions are aligned between human and any

of the other 18 species – with base-precision for the start and stop of these alignments

in gemomic coordinates. The output should look like:</p><p>Human_chr

human_chr_start human_chr_end target_chr target_chr_start target_chr_end score

target_chr_strand</p><p> However, as it turns out this is apparently

not as straight-forward as I had hoped.  The

main steps, I suspect, would be:</p><p>Deconstruct the aligned sequences (AlignSlice)

into their underlying AlignSlice::Slices</p><p>Determine the genomic coordinates of

the underlying genomic slices (many genomic slices can make up one

AlignSlice::Slice, possibly separated by larger GAP slices)</p><p>Convert these genomic coordinates

back to the AlignSlice::Slice (to get their position in the fake alignment coordinate

system)</p><p>Translate these alignment

coordinates to human genomic coordinates via the human AlignSlice::Slice</p><p>However,

turns out that for each genomic slice, I bascially seem to end up with the

global coordinates of the AlignSlice::Slice I started from. This would make sense

if each AlignSlice::Slice would consist of exactly one genomic_align and this

genomic_align would align full-length to the human query. Doubtful, I think.</p><p>Clearly, I

am missing something, somewhere ;) Perhaps there is some padding going on that I can’t seem to get rid of?</p><p>I have attached

the script if anyone has an idea of how to do this correctly. </p><p> </p><p>Cheers,</p><p> </p><p>Marc</p>

</div></div></div></body></html>