
<html><head><style>

p.MsoListParagraph, li.MsoListParagraph, div.MsoListParagraph {

margin-top:0in;

margin-right:0in;

margin-bottom:0in;

margin-left:.5in;

margin-bottom:.0001pt;

}


p.MsoListParagraphCxSpFirst, li.MsoListParagraphCxSpFirst, div.MsoListParagraphCxSpFirst, p.MsoListParagraphCxSpMiddle, li.MsoListParagraphCxSpMiddle, div.MsoListParagraphCxSpMiddle, p.MsoListParagraphCxSpLast, li.MsoListParagraphCxSpLast, div.MsoListParagraphCxSpLast {

margin-top:0in;

margin-right:0in;

margin-bottom:0in;

margin-left:.5in;

margin-bottom:.0001pt;

line-height:115%;

}

</style></head><body><div style="font-family:Calibri,'Segoe UI',Meiryo,'Microsoft YaHei UI','Microsoft JhengHei UI','Malgun Gothic','Khmer UI','Nirmala UI',Tunga,'Lao UI',Ebrima,sans-serif;font-size:16px">

<div>Hello again,</div><div> </div><div>thanks for the helpful comments on how to get a genome into a blank DB! </div><div>I made some decent progress in figuring out how to configure certain things, but have a more general question regarding the system architecture that the gene build pipeline expects to find. </div>

<div> </div><div>When trying to run repeat masker, it complains about two things. </div><div>1) Not being able to create a folder /RepeatMasker</div><div>I can’t seem to figure out where that is defined, since I don’t really want anything to be created in the root file system</div>

<div> </div><div>2) No bsub in my system, which I think means that LFS is required for the different jobs to run?</div><div>I guess that makes sense - just want to make sure that LFS is indeed necessary before I set out to install it (seems a bit painful...).</div>

<div> </div><div>Cheers,</div><div> </div><div>Marc</div></div></body></html>